Simo Kaarle Matias Heininen (s. 23. huhtikuuta 1943 Lahti) on suomalainen historioitsija. Hän on Helsingin yliopiston yleisen kirkkohistorian emeritusprofessori. Hänen tutkimuskohteensa on ollut erityisesti Mikael Agricola.
Heininen väitteli tohtoriksi vuonna 1976. Hän oli vuosina 1975–1983 Helsingin yliopistossa Suomen ja Skandinavian kirkkohistorian dosentti ja 1983–2009 yleisen kirkkohistorian professori.
Heininen sai vuonna 2004 Suomen tietokirjailijoiden jakaman oppikirjailijapalkinnon.
Heininen valittiin Suomalaisen Tiedeakatemian jäseneksi vuonna 1989.