Mika Matti Taneli Puumalainen (s. 19. joulukuuta 1966 Helsinki) on suomalainen lääkäri ja tutkija. Hänen erikoistumisaloinaan ovat olleet pediatria, tartuntataudit ja kansainvälinen kansanterveys. Hän on toiminut Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen (THL) ylilääkärinä vuonna 2019 alkaneen koronaviruspandemian aikana. Lokakuussa 2014 hänestä tuli THL:n infektiotautien torjunnan ja rokotusten yksikönpäällikkö.
Puumalainen väitteli vuonna 2003 tohtoriksi Helsingin yliopistossa väitöskirjalla Lasten infektiosairaudet: Yhtätoista pneumokokki-bakteerin serotyyppiä vastaan kehitetyn konjugaattirokoteen immuunivaste ja turvallisuus filippiiniläisillä lapsilla. Puumalainen on asunut, työskennellyt ja tehnyt tutkimustyötä Suomen lisäksi Nigeriassa, Malawissa, Zimbabwessa, Thaimaassa ja Filippiineillä.