Timo Juhani Pekkanen (23. maaliskuuta 1933 Saari – 22. kesäkuuta 2009) oli suomalainen eläinlääkäri ja professori. Valmistuttuaan eläinlääkäriksi vuonna 1961 Pekkanen toimi aluksi eläinlääkärinä Säkylässä. Hän palasi kuitenkin pian Helsingin yliopistoon, jossa hän oli ensin assistenttina vuodesta 1968 ja sitten yliassistenttina väiteltyään tohtoriksi vuonna 1971. Vuosina 1978–1998 hän oli Eläinlääketieteellisen korkeakoulun elintarvikehygienian professori. Hänen tutkimusalaansa olivat elintarvike- ja ympäristömyrkkyjen vaikutusmekanismit, ja hän oli myös toksikologian asiantuntija.
Pekkasen veli on kielitieteilijä Tuomo Pekkanen.