
Un arrêté préfectoral de protection de biotope ou APPB est un type d'aires protégées en France permettant au préfet — ou en Corse au conseil exécutif de Corse — de réglementer ou d'interdire certaines activités humaines, dans l'objectif de protéger les milieux de vie d'espèces animales ou végétales. Ces arrêtés s'appliquent sur des espaces généralement assez restreints.
Cet outil de protection réglementaire a été créé en 1977, le dispositif est complété par les arrêtés préfectoraux de protection de géotope et les arrêtés préfectoraux de protection des habitats naturels, en 2015 et 2018, respectivement afin de protéger les fossiles et minéraux et les habitats naturels.
Les arrêtés préfectoraux de protection de biotope (ou de géotope ou d'habitats naturels) sont des outils relativement rapides à mettre en œuvre par l'administration. Chaque arrêté contient un règlement qui lui est propre. Les APPB ne prévoient cependant pas, habituellement, de gestion conservatoire des sites, ni de budget ou de personnel pour leur suivi.

Les arrêtés préfectoraux de protection de biotope peuvent protéger aussi bien des sites naturels qu'artificiels, ils sont généralement pris sur des zones restreintes, mais il n'existe pas de limite de taille.
En ce qui concerne les aires naturelles, le plus petit APPB de France est en un coteau pendu sec dit Combe d'Armel, situé sur la commune de Mortagne-sur-Gironde, qui ne mesure que 1 are et 50 centiares, surplombant les polders de la rive droite de la Gironde dont la flore a des affinités méridionales (hysope blanchâtre, Sumac des corroyeurs). Le plus grand est un arrêté protégeant les rapaces du Luberon.
Parmi les cas où des milieux artificiels sont protégés, on trouve des clochers d'églises, des greniers ou encore des galeries souterraines (milieux considérés comme sans superficie officielle). Les arrêtés protégeant des milieux sont souvents pris dans l'objectif de préserver des populations de chauves-souris qui y trouvent un habitat favorable.
Un unique arrêté peut protéger plusieurs « sous-sites ».
Les arrêtés préfectoraux de protection de biotope permettent aux préfets, ou en Corse au conseil exécutif de Corse, d'interdire certaines activités humaines telles que la chasse, la pêche, la cueillette, le camping, l'écobuage, le dépôt de déchets ou de matériaux, la plantation d'arbres. Les APPB sont définis par l'article 411-15 du code de l'environnement.
La gestion conservatoire des sites n'est pas systématiquement prévue par les arrêtés préfectoraux de protection du biotope. Cependant de nombreux sites sous APPB bénéficient de gestion au titre d'autre type de protection (Natura 2000, Réserve, PNR...) couvrant le même terrain. Pour les sites qui ne font l'objet d'aucune autre protection, moins d'1/4 sont activement gérés, en général par une association ou un Conservatoire d'espaces naturels, dans quelque cas cette gestion est mentionnée par l'arrêté.


Les arrêtés préfectoraux de protection du biotope ont été institués par l'article 4 du décret no 77-1295 du .
Les premiers arrêtés préfectoraux de protection de biotope n'ont été pris qu'au début des années 1980 : le tout premier date du et concerne « Les Brotteaux », dans la commune d'Ambronay dans le département de l'Ain. Ce délai est expliqué par la durée de la procédure et par le fait qu'il a fallu attendre la publication des listes d'espèces de faune et de flore sauvages protégées, lesquels permettaient de justifier ou valider les procédures de création d'arrêtés préfectoraux de protection de biotope.
À partir de la fin des années 1990 une base de données sur les APPB est mise à jour chaque année et plusieurs synthèses globales ont été faites : en 1987, en 1993, en 2007 et en 2018.
En métropole, c'est la période entre 1986 et 1998 où la création d'APPB a été la plus importante, 34 arrêtés ayant été signés par an, en moyenne pour arriver à 55% du réseau existant en 2018. Entre 1999 et 2017, plus de 22 arrêtés ont été créés chaque année, avec un rythme globalement stable.
En Outre-mer, la mise en place d'APPB est plus récente puisque 80% du réseau a été constitué entre 1994 et 2010.
Début 2007, il y avait en France (Métropole et Outre-mer) 672 APPB, dont :
En 2007, une synthèse est publiée (bilan après 30 ans d'existence de l'APPB), faite à partir des données des 22 DIRENs métropolitaines et des 4 DIREN d’Outre-Mer disponibles à la date du .
Les APPB ont, le plus souvent, été établis pour protéger des espèces animales :
La motivation "faunistique" pourrait avoir été favorisée par le texte même de la loi qui précise « dans la mesure où ces biotopes ou formations sont nécessaires à l'alimentation, à la reproduction, au repos ou à la survie de ces espèces » (la notion de repos fait directement allusion aux animaux).
En outre-mer c'est la forêt qui semble sous-représentée (par rapport à sa surface en Guyane) et ici contrairement à la métropole les APPB visent souvent des habitats littoraux et halophiles (plages, îlots rocheux, falaises, mangroves), mais aussi des eaux non marines (étangs), les landes et fourrés, quelques éléments de forêt tropicale, le milieu rocheux et les grottes. Tous ces milieux abritent une faune très remarquable et souvent menacée.
En 2018, on compte 911 APPB, répartis comme suit :

72 % des APPB (658 arrêtés) mentionnent l'espèce ou les espèces qu'ils visent à protéger. L'absence d'information sur les espèces concerne principalement les arrêtés les plus anciens. Sur 598 APPB analysés en 2018, 50 % concernait uniquement un enjeu faunistique, 16 % un enjeu floristique et les 34 % restant présentent des enjeux des deux groupes.
Les dix espèces les plus souvent citées sont l'écrevisse à pattes blanches, 4 espèces de chiroptères, la truite, la couleuvre à collier, le lézard vert, le faucon pèlerin et le hibou grand-duc.
le graphique ci-dessous ne représente que la métropole
Les APPB sont codifiés dans le Code de l'environnement aux articles L. 411-1, L. 411-2, R. 411-15, R.411-16 et R.411-17.
Le dispositif est créé par le décret no 77-1295 du 25 novembre 1977, qui a postérieurement été complété par :
Ils étaient précédemment codifiés dans le Code rural : articles L. 211-l et L. 211-2 ; articles R. 211-12 à R. 211-14.
L’APPB est proposé par l’État, en la personne du préfet et généralement instruit par les DDT voir les DREAL, concernées et signé après avis du conseil scientifique régional du patrimoine naturel, de la commission départementale des sites, de la chambre d'agriculture, et le cas échéant du directeur local de l'ONF si une forêt publique (forêt domaniale ou appartenant à une collectivité territoriale) relevant du régime forestier est concernée. D'autres instances doivent être consultés dans le cas où les interdictions prononcées concernent directement leurs intérêts.
Le tribunal administratif de la Martinique a rappelé dans sa décision n°1300504 du que les arrêtés préfectoraux de protection de biotope doivent être soumis à la consultation du public comme prévus pour l'ensemble des textes environnementaux, au titre de l'article L. 123-19-1 du code de l’environnement.
La consultation des conseils municipaux est obligatoire depuis 2018, ils rendent des avis simples.
Conformément à l'article R. 411-16 du Code de l'environnement, l'arrêté préfectoral signé est :
Les arrêtés préfectoraux de protection de biotope sont parfois attaqués en justice, les résultats de ces procédures dépendent des argumentaires présentés par les requérants et par la défense : les juges ont parfois annulé ces arrêtés mais dans d'autres circonstances ils ont pu donner tort aux requérants. Jacques Comolet-Tirman, Jean-Philippe Siblet & Jacques Trouvilliez, dans leur rapport de 2007, estimait que peu d'APPB avaient été annulés à cause d'une fragilité juridique (absence d'une consultation obligatoire, par exemple) ou d'un constat d’échec (disparition des espèces protégées qui avaient justifié l'APPB).
L'unique argument selon lequel un APPB couvre une trop grande surface, soulevé pour justifier son annulation, a été rejeté à plusieurs reprises par les tribunaux. Plusieurs contentieux ont porté sur la définition de « formations naturelles peu exploitées par l'homme ». Ce point a été réglé par le gouvernement par l'ajout d'un alinéa permettant le classement de bâtiments, ouvrages, mines et carrières.
Dans le département de l'Essonne (voir l'article Aires protégées en Essonne pour plus de détails), l'arrêté protégeant le Coteau des Vignes sur la commune d'Athis-Mons, pris en 1992, a été abrogé en 1997, à la demande du propriétaire de l'époque. Le site est couvert par une zone de préemption au titre des espaces naturels sensibles depuis 2009, et fait l'objet d'une convention de gestion entre le conseil départemental et la commune, depuis le .

Contrairement à l'idée mise en avant dans la synthèse de 2008, l'analyse de 2018 montre que les APPB n'ont que très rarement évolués vers d'autres type d'aire protégée. Quelques exceptions sont la réserve naturelle nationale des marais de Kaw-Roura, classée par décret le , qui succède à l'APPB de la « plaine et de la montagne de Kaw » créé en 1989, la réserve naturelle nationale du mont Grand Matoury qui remplace depuis 2006 un APPB datant de 1994, en Guyane ou encore la réserve naturelle régionale des landes et tourbière des Égoutelles créée en 2009 qui englobe, dans sa partie sud, un ancien arrêté préfectoral de protection de Biotope datant de 1986, en Mayenne.