Il est le dixième enfant et l'enfant posthume de sa mère, illettrée et devenue veuve à 34 ans.
En 1942, sa famille est expulsée de Libye en raison de sa nationalité française, elle s'installe en Algérie, à Orléansville. En 1956, il part en France faire des études de médecine qu'il commence à Besançon (Doubs) et qu'il poursuit dès l'année suivante à Paris. Sa famille, rapatriée comme la majorité des Français d'Algérie, le rejoint en 1962. Il termine ses études de spécialiste en pédiatrie en 1965.
Il commence à publier dès 1982 une vingtaine d'ouvrages centrés sur l'environnement de l'enfant, sur son éducation et sur les relations intrafamiliales dont les relations fille-mère, le rôle du père ou l’inceste.
Vie privée
Aldo Naouri avec son épouse Jeanne (décédée en 2012) sont parents de trois enfants: deux filles, la romancière Agnès Desarthe et la metteuse en scène d'opéra Elsa Rooke, et un fils, le chanteur d'opéra Laurent Naouri.
Psychanalyse
Aldo Naouri est influencé par la psychanalyse et hésite à devenir psychanalyste. La psychanalyse marque sa pratique de pédiatre: «En quarante ans de pratique, l'exercice de la pédiatrie s'est transformé, résume-t-il. Au départ, je diagnostiquais des tuberculoses. À la fin, je ne recevais plus que des enfants bien portants et des parents à éduquer.»
Critiques
Aldo Naouri à Paris en 2010.
Des propos tenus par le pédiatre dans les années 2010 font polémique. Quelques-unes de ses positions sont qualifiées de «réactionnaires» par une journaliste du Point.
Il s'oppose en 2009 à «l’interdiction de la fessée, y voyant une atteinte à la vie privée tout en se disant fermement opposé à ce geste en tant que pédiatre».
En 2013, une polémique naît de propos tenus par Aldo Naouri dans son livre Prendre la vie à pleine main. L'auteur évoque en effet le cas d'un couple dont la femme ne fait plus l'amour avec son mari après un accouchement. Il raconte avoir conseillé le couple en disant au mari: «Violez-la!»,,,,,. D'autres de ses propos sur le viol, parus dans un ouvrage de 1998, ont aussi suscité la polémique et l'ont, selon les termes de Janine Mossuz-Lavau, «totalement disqualifié». Aldo Naouri revient sur ses propos et explique: «C’est évidemment une provocation! J’étais devant un homme qui me disait: «J’en crève d’envie mais j’attends qu’elle veuille.» Sa femme le regardait sans rien dire. J’ai dit en exagérant: «Violez-la!» C’était excessif mais c’était une manière de dire: allez-y, foncez, ça viendra bien! Elle a poussé un cri de satisfaction comme si elle n'attendait que cela.» Il poursuit son propos dans un second entretien: «J'ai fait état d'une approche technique de type paradoxale, destinée à ébranler suffisamment le couple de parents pour leur faire reprendre un dialogue bloqué.» Enfin il conclut: «J'entends redire que je condamne, et j'ai toujours condamné, le viol de la façon la plus radicale y compris le viol conjugal»,.
↑Mélanges, Armelle Le Bras-Chopard, Gouverner les violences: Le processus civilisationnel en question, sous la direction de Josepha Laroche et de Yves Poirmeur, Éditions L'Harmattan, 2010, p.135, article « Vers l'indifférenciation » de Janine Mossuz-Lavau, directrice de recherche du CNRS au Centre de recherches politiques de Sciences politiques et membre de l’Observatoire de la parité.