Classification des légumineuses
Elle est une spécialiste des légumineuses. Lors de son doctorat, elle s'intéresse à la classification des légumineuses, et elle y relève quelques problèmes. Elle travaille alors à reconstituer le parcours évolutif, par une analyse phylogénétique, de ces végétaux aux nombreuses variétés. En 2015, elle procède à un reclassement plus logique des légumineuses ou Fabaceae. Pour ce faire, elle collabore avec de nombreux chercheurs et laboratoires. Finalement, sa classification proposera six sous-familles au lieu des trois sous-familles existantes. Cette classification n'avait pas été modifiée depuis trois siècles. Un genre et deux espèces de légumineuses arbustives portent aujourd'hui son nom : Annea afzelii et d’Annea laxiflora.
En 2021, elle sera l'une des « 80 taxinomistes spécialistes de la famille des légumineuses et originaires de 24 pays [qui] ont travaillé à mettre à jour les informations existantes afin d'établir une liste qui reconnaît à l’heure actuelle 22 939 espèces ». La liste est accessible sur le Portail des données sur les légumineuses.
Le projet Canadensys
Anne Bruneau a aussi mis en place un réseau canadien de bases de données sur la biodiversité : le projet Canadensys. On y retrouvait en 2018, « plus de 50 collections et inventaires et près de 4,2 millions de spécimens de tous les continents ». Le projet est géré par le Centre de la biodiversité, un centre issu d’un partenariat entre l’Université de Montréal et le Jardin botanique de Montréal. Il regroupe des données taxonomiques, géographiques, historiques et de quantité. Ces données sur la biodiversité mondiale sont essentielles à la compréhension et à la gestion des écosystèmes.
La chercheuse est aussi à l'origine du Centre de la biodiversité, un projet mené avec une équipe de chercheurs. Inspiré par le Kew Gardens de Londres, le Centre rassemble les volets recherche, éducatif et grand public.
