Le groupe ne serait pas monophylétique d'après d'autres études de phylogénétique: selon Van de Peer & De Wachter (1997), Nozaki et al. (2003, 2005), Yoon et al. (2004), les Rhodophyta ne sont pas le groupe-frère des plantes vertes, et seraient à la base d'un vaste taxon comprenant des groupes précédemment rattachés aux protistes ainsi que les Straménopiles.
Kim & Graham (2008) ont confirmé que les Archaeplastida ne seraient pas monophylétiques, de même que les Chromalveolata ne seraient pas monophylétique non plus, cependant ces deux groupes ensemble formeraient un grand groupe monophylétique qu'ils proposent d'appeler Plastidophila.
Les caractères partagés par les membres de Archaeplastida sont:
La présence de chloroplaste(s). Ils sont les descendants de l’organisme qui a effectué la première endosymbiose chloroplastique. D’autres endosymbioses se sont produites par la suite, mais l’hôte retenait alors un endosymbiote photosynthètique eucaryote, comme ce fut le cas pour les membres de la lignée brune...
Ce chloroplaste présente une paroi fine constituée de peptidoglycane et est contenu dans une vacuole particulière. Cela résulterait de l’intégration ancestrale d’une Cyanobactérie en tant que chloroplaste.
Les thylakoïdes (ou thylacoïdes) sont originellement séparés de manière équidistante entre eux.
Des pigments accessoires sont contenus dans des phycobilisomes attachés aux thylakoïdes.
Les chloroplastes contiennent de la chlorophylle a.
Les glucides sont stockés à l’extérieur du chloroplaste sous forme d’amidon.
↑Yazaki E, Yabuki A, Imaizumi A, Kume K, Hashimoto T, Inagaki Y, «The closest lineage of Archaeplastida is revealed by phylogenomics analyses that include Microheliella maris», Open Biol, vol.12, no4, , p.210376 (PMID35414259, PMCID9006020, DOI10.1098/rsob.210376)
↑(en) Van de Peer, Yves, De Wachter, Ruppert (1997) Evolutionary relationships among the eucaryotic crown taxa taking into account site-to-site rate variation in 18S rRNA. J Mol Evol 45: 619-630