Opposé au nazisme, il est membre du NSDAP de à à la demande de KPD,. En 1942, il doit fermer son école, car il forme aussi des étudiants d'origine juive.
Le , Arthur Werner, sans parti, est nommé bourgmestre-gouverneur de Berlin par le commandement soviétique, succédant ainsi à Ludwig Steeg. Le commandement allié se rallie plus tard à ce choix. Après les premières élections libres à Berlin le , il laisse sa place au social-démocrate Otto Ostrowski.
Au printemps 1946, il est nommé professeur honoraire d'architecture à l'Université technique de Berlin. Fin 1950, l'école du bâtiment rouvre à Berlin-Lichterfelde. En 1954, il se présente comme candidat sans parti sur la liste du SED aux élections législatives à Berlin-Ouest.
Arthur Werner est enterré au cimetière du parc de Lichterfelde. Par résolution du Sénat de Berlin, sa dernière demeure est classée Ehrengrab (tombe d'honneur) du land de Berlin en . Accordée pour une durée de vingt ans, cette distinction peut ensuite être prolongée.
Helge Dvorak, Biographisches Lexikon der Deutschen Burschenschaft, Band I Politiker, Teil 6: T–Z, Heidelberg 2005, p.269–270.
Lutz Heuer, Der erste Berliner Magistrat nach dem II. Weltkrieg. Oberbürgermeister Dr. Arthur Werner und sein Team bis Dezember 1946. Reihe Berlin und seine Geschichte beim Verein Helle Panke.
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