Système de jeu
Il n'existe pas de barre de vie dans Clock Tower 3, cette dernière est remplacée par un système de « stress » à la manière de Clock Tower qui rend le personnage plus vulnérable s'il est angoissé. La barre de stress augmente ainsi de manière très significative quand un assaillant touche le personnage principal ou que le personnage est pris par surprise. Quand la barre de stress est au maximum, Alyssa est alors en « mode panique », la musique s'accélère, l'environnement devient flou et menaçant et Alyssa se met à courir comme une folle et de manière désordonnée. Quand la peur est à son paroxysme, chaque coup porté par un ennemi devient mortel. Durant ce mode de jeu, il est impossible de se cacher. Le seul moyen est donc d'attendre que la barre de stress redescende.
Bien que Alyssa ne dispose pas d'arme sauf lors d'attaques contre les boss, de l'eau de lavande lui permet de ralentir ses assaillants. Cette eau est particulièrement importante puisque certains ennemis courent plus vite que Alyssa.
En plus comme dans les précédents Clock Tower, le personnage peut se cacher, soit trouver un objet de légitime défense.
À chaque fin de niveau, Alyssa obtient l'arc de lumière lui permettant de combattre un boss. Il s'agit de la seule partie du jeu où le personnage se défend en utilisant une arme.
Synopsis
Le jeu se passe à Londres en 2003. Alyssa Hamilton (アリッサ･ハミルトン, Arissa Hamiruton?) est une jeune fille de 14 ans vivant dans un pensionnat depuis trois ans. Sa mère Nancy Hamilton (ナンシー･ハミルトン, Nanshī Hamiruton?), l'a envoyé au pensionnat après que son grand-père Dick Hamilton (ディック･ハミルトン, Dikku Hamiruton?), a disparu. Elle lui a alors demandé de ne pas revenir avant au moins six ans.
Le jeu commence quand Alyssa reçoit une lettre de sa mère lui indiquant de se cacher jusqu'à la fin de son quinzième anniversaire. Malgré l'avertissement de sa mère, Alyssa décide de rentrer au manoir familial. Elle ne trouve cependant pas sa mère mais un drôle de personnage appelé The Dark Gentleman (闇の紳士, Yami no shinshi?). Il lui annonce alors que sa mère ne reviendra pas et qu'il est l'actuel locataire du manoir. Alyssa part néanmoins à la recherche de sa mère et fait d'étranges découvertes qui la font voyager dans le temps.
