Crocodylus est probablement originaire d'Afrique et a rayonné vers l'Asie du Sud-Est et les Amériques, bien qu'une origine Australie/Asie ait également été envisagée. Les preuves phylogénétiques soutiennent que Crocodylus diverge de son parent récent le plus proche, le Voay éteint de Madagascar, il y a environ 25 millions d'années, près de la limite Oligocène/Miocène.
123(en) E. Hekkala, J. Gatesy, A. Narechania, R. Meredith, M. Russello, M. L. Aardema, E. Jensen, S. Montanari, C. Brochu, M. Norell et G. Amato, «Paleogenomics illuminates the evolutionary history of the extinct Holocene "horned" crocodile of Madagascar, Voay robustus », Communications Biology, vol.4, no1, , p.505 (ISSN2399-3642, PMID33907305, PMCID8079395, DOI10.1038/s42003-021-02017-0)