Une dispute au sens théologique est un débat religieux. Cette forme de débat a souvent été utilisée pendant la Réforme protestante. La dispute de Berne, qui s’est tenue du 6 au 26 janvier 1528, était un colloque de religion convoqué par les autorités bernoises qui opposa les tenants de la Réforme et les représentants de l’ancienne foi. Dans son sillage, Berne instaura la Réforme, contribuant ainsi à son essor définitif en Suisse.
Berne connaît des courants réformateurs avant les débuts de la Réforme à Zurich. Jörg Brunner, originaire d’Allemagne, prêche déjà dans l’esprit de Martin Luther à l'église de Kleinhöchstetten en 1522, tout comme le faisait son prédécesseur, le prêtre allemand Johann Wecker, actif à Kleinhöchstetten à partir de 1498. Jörg Brunner est poursuivi en justice et un tribunal, composé de conseillers et de théologiens, convoqué le 29 août 1522 dans l’église des cordeliers l’acquitte. Plus tard, le poète et peintre Niklaus Manuel apporte sa contribution en composant des jeux de carnaval à caractère anticlérical. Par ailleurs, le réformateur Ulrich Zwingli est un ami de Niklaus von Wattenwyl et de Berchtold Haller, chanoine et prêtre à la collégiale de Berne depuis 1520, avec lesquels il entretient une correspondance. Haller, qui prêche au moins depuis 1525 dans un esprit réformateur, rencontre un accueil très favorable auprès de la population. La majorité du Conseil de la ville adopte toutefois une position conservatrice jusqu’à la dispute de Baden et refuse de rallier la Réforme zurichoise. Ce n’est qu’au changement de majorité après les élections au Conseil de 1527 que ce dernier décide de faire légitimer la Réforme en organisant un grand débat religieux sur le modèle des disputes zurichoises.
L’édit du 17 novembre 1527 invite des représentants des États confédérés et de nombreuses villes du sud de l’Allemagne. Les quatre évêques responsables du territoire bernois, à savoir les évêques de Bâle, de Constance, de Lausanne et du Valais, sont expressément invités à participer. Un refus de participer de la part de membres du clergé entraînerait la perte de tous leurs bénéfices à Berne. Le résultat avait déjà été anticipé par la disposition voulant que les débats se fondent exclusivement sur les Écritures.
L’appel à débattre est accompagné de la publication de dix thèses censées servir de base à la dispute. Ces thèses sont rédigées par Bechtold Haller et Franz Kolb. Les trois premières thèses reconnaissent que le Christ est le chef unique de l’Église, affirment le principe réformé de l’Écriture seule ainsi que la justification du pécheur par le Christ seul. Sur cette base, les thèses 4 à 10 rejettent des doctrines et coutumes catholiques romaines telles que la transsubstantiation, le purgatoire et le l'obligation du célibat.
Outre les membres du Grand Conseil et les quelque 300 ecclésiastiques de la ville et de la campagne, de nombreux visiteurs étrangers participent à la dispute qui siège dans l’ancienne église des cordeliers (à l’emplacement de l’actuelle Bibliothèque de la Bourgeoisie de Berne). La délégation zurichoise composée de soixante personnes est placée sous la houlette de Zwingli. L’ami de ce dernier, Konrad Schmid de Küsnacht, préside la dispute de Berne. D’autres théologiens réformés en vue sont également présents: Jean Œcolampade de Bâle, Joachim de Watt dit Vadian de Saint-Gall, Martin Bucer et Wolfgang Capiton de Strasbourg, Ambrosius Blarer de Constance, Paul Fagius d’Isny et Konrad Sam d’Ulm. Malgré l’absence des quatre évêques et de représentants catholiques de la Suisse centrale, des théologiens tenants de l’ancienne foi participent à la dispute en qualité de porte-parole comme Konrad Treger et Johannes Buchstab. La présidence veille à mettre fin à toute attaque personnelle et à faire consigner immédiatement toutes les interventions dans le procès-verbal.
Le dimanche 26 janvier 1528, lorsque la dispute s’achève, 235 ecclésiastiques bernois signent les dix thèses alors que 46 les rejettent. Le 19 et le 27 janvier, Zwingli prêche à la collégiale de Berne contre la messe catholique, ce qui met fin à sa pratique dans la ville. Il exhorte également à l’iconoclasme. À la collégiale, les donateurs peuvent récupérer les œuvres d’art des 25 autels destinés à la messe avant qu’ils ne soient détruits. Le tabernacle est également démoli, les statues brisées et jetées sur la plate-forme de la collégiale. Le Jugement dernier qui surplombe l’entrée principale de la collégiale échappe de justesse à la destruction parce qu’il vient d’être achevé et qu’il n’est pas encore entièrement payé. Le 2 février, les bourgeois de la ville de Berne prêtent serment sur les dix décisions en faveur de la Réforme à la collégiale. Le 7 février 1528, le Conseil proclame le « mandat de réformation » (parfois aussi appelé « édit de réformation ») par lequel Berne adopte les dix thèses comme norme doctrinale, abolit définitivement la messe et les images religieuses et déclare la fin de la juridiction des évêques. Le 24 février, le réformateur de Küsnacht, Konrad Schmid, prêche sur l’importance évangélique de la Sainte Cène. Toutes les interventions de la dispute sont imprimées à Zurich chez l’imprimeur Christoph Froschauer le 23 mars 1528 parce qu’il n’y a pas d’imprimerie à Berne à cette époque,,.
Jean Cochlaeus, conseiller catholique du cardinal Albert de Mayence, publie peu après un pamphlet d’avertissement et d’invectives à l’adresse du Conseil de Berne condamnant la décision prise en faveur de la Réforme. Il critique notamment la suppression des monastères et le renvoi des moines et des nonnes à la vie laïque.
Le Synodus de Berne, actes du synode qui s’est tenu en cette ville en 1532, tient lieu de règlement ecclésiastique réformé, et sa publication vient achever le processus d’instauration de la Réforme. En sa qualité de puissance protectrice de l’Église genevoise et des velléités réformatrices en Argovie bernoise, en Valais et à Neuchâtel, Berne veille à la consolidation et à la diffusion de la Réforme en Suisse. Les autorités bernoises envoient notamment le pasteur français Guillaume Farel pour convaincre les différentes régions de l’actuelle Suisse romande de passer à la nouvelle foi (Aigle, Pays de Vaud, territoires placés sous l’influence de Bienne, Neuchâtel, Genève). À Saint-Gall, Mulhouse, Bienne et Lindau sur le lac de Constance, les autorités éditent également des mandats de réformation en se référant à la dispute de Berne,.
