La maison d'édition a été créée à Marcinelle près de Charleroi par l'imprimeur Jean Dupuis en 1898, qui devint éditeur en 1922 en lançant une revue de roman illustrés, Les Bonnes Soirées, puis un journal humoristique hebdomadaire Le Moustique en 1924 qui est rebaptisé Télémoustique après la guerre. La diversification se poursuit avec la création de collections de romans, Azur, Jaune, Grise et Verte.
En 1898, Jean Dupuis se procure une première presse qu'il installe chez lui à Marcinelle. Il rencontre le succès lorsqu'il se spécialise très vite dans la production d'imprimés et de papiers-poudre pour médecins et pharmaciens. Ce succès lui permet de s'étendre à de nouvelles activités et de se procurer une nouvelle presse en 1911. Début 1914, les bâtiments de l'imprimerie sont entièrement détruits par un incendie, une fois reconstruits la guerre éclate et la presse est le plus souvent réquisitionnée par l'occupant allemand.
À la fin de la guerre, en 1918, Jean Dupuis se lance dans l'édition de journaux. Il imprime d'abord, avec les autorités épiscopales de Tournai, les journaux L'ami du foyer et Le Roman, sans guère de succès. Le il lance Les Bonnes Soirées, un hebdomadaire à base de romans qui, lui, gagne vite un dizaine de milliers d'abonnés: les éditions Dupuis peuvent dorénavant ne plus se consacrer qu'aux journaux et livres.
Un nouvel hebdomadaire, Le Moustique, est lancé en 1924, qui donne les programmes des émissions de la radio et, lui aussi, rencontre un grand succès. La même année, Les Bonnes Soirées est retitré Bonnes Soirées, Bonne Soirée puis B.S..
En 1937, les affaires sont florissantes et Jean Dupuis charge ses enfants Paul et Charles de créer un «hebdomadaire pour la jeunesse».
Pour animer le journal Spirou, il engage notamment le namurois Jijé et le breton Rob-Vel.
C'est la publication, en 1940, de l'album Bibor et Tribar, dessiné par Rob-Vel, qui marque les débuts du jeune éditeur dans la publication de bandes dessinées.
Après la guerre, l'hebdomadaire Spirou connaît une grande popularité et sera le vivier qui verra naître et grandir plus de 300 héros de bande dessinée. Ainsi, un album paru en 1958 donne la liste de «nos autres albums»:
En 2008, à partir du , l'éditeur change de logo, adoptant une typographie rappelant le logo des années 1950 mais en version modernisée, pour "rester fidèle aux origines tout en affirmant l’ancrage contemporain de cette maison plus que centenaire"; les derniers albums de BD comportant l'ancien logo sont donc les titres de l'opération BD à 5€ parus durant l'été 2008.
En 2015, Dupuis s'est joint à 12 autres acteurs du monde de l'édition pour fonder Europe Comics, un projet co-financé par le programme Creative Europe de la Commission Européenne.
En 2022, dans le Journal de Spirou numéro double 4380/4381 fêtant les 100 ans des éditions Dupuis, tous les auteurs s'échangent leurs séries et rendent des hommages à des BD emblématiques de l'histoire de l'éditeur.
Magazines du groupe
Le groupe Dupuis édite plusieurs magazines de bandes dessinées dont Spirou, depuis 1938, et Groom qui est publié depuis .
Depuis le début des années 2010, Dupuis a lancé une politique d'acquisition de petits groupes d'édition. Chacun de ces groupes vit une existence autonome sous la direction de Dupuis:
Champaka Brussels, en , qui ouvre ainsi plus fortement son catalogue de livres d'art et d'illustrations liés à la bande dessinées aux auteurs du groupe Média participations.
Vega en 2020, créé à l'origine par Steinkis Groupe et Stéphane Ferrand, ce dernier devenant directeur éditorial de cette nouvelle collection manga de l'éditeur, qui privilégiait auparavant des partenariats avec les Éditions Kana (du groupe Dargaud-Lombard), notamment via des concours ou des publicités promotionnelles dans le journal Spirou.
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