Le football américain a vu le jour en France en 1980, sur l'initiative de Laurent Plégelatte (1947-2010), fondateur du 1erclub français: le Spartacus de Paris.
Depuis 2012, la FFFA a vu son nombre de clubs augmenter de façon constante, passant de 191 à 225 en 2016. Elle supervise aussi le développement du Flag football (dérivé de football américain, mixte et sans contact) et du cheerleading (chorégraphies pratiquées par les cheerleaders sur les bords de terrains et pendant le déroulement des rencontres). Le nombre de licenciés pour ces trois disciplines augmente en conséquence et passe à plus de 29 000 en 2023.
Cette fédération est fondée le en s'appuyant sur la première Fédération française de football américain fondée le . Entre 1981 et 1983, le football américain était géré en France par le Comité national pour le développement du football américain en France. Ce comité se transforme en FFFA en 1983.
Depuis 1993, le football américain est reconnu en France comme «sport de haut niveau» par le ministère des sports. La FFFA œuvre depuis lors à mettre en place une filière de haut-niveau avec la création d'un pôle France (Amiens) et d'un pôle espoir (Talence).
En 2021, le flag football devient la deuxième discipline reconnue comme «sport de haut niveau».
La FFFA est également responsable des différentes équipes de France de football américain et de flag football, ainsi que des sélections nationales en cheerleading.
