La fructokinase est une enzyme de l'intestin, du foie et/ou du cortex rénal. Tout comme les autres kinases, cette enzyme est impliquée dans les réactions de la phosphorylation : elle phosphoryle en effet le fructose en fructose-1-phosphate. C'est une enzyme transférase, qui assure le transfert de groupements fonctionnels ; c'est aussi une phosphotransférase.

Le fructose peut être phosphorylé par l'hexokinase, mais cette dernière a une activité faible sur le fructose comparée au glucose (Km glucose = 0.05mM contre 10-13mM pour le fructose). La phosphorylation est principalement réalisée par la fructokinase hépatique qui le phosphoryle sur le carbone 1, contrairement à l'hexokinase qui le phosphoryle sur le carbone 6. Cette modification hépatique est considérée comme responsable des effets nocifs du fructose.
Le fructose-1-phosphate est utilisé ensuite dans la voie glycolytique.