
Le Haut-Rhin, appelé Hochrhein en allemand, est une subdivision du Rhin qui débute après Stein am Rhein, à l'extrémité ouest du lac de Constance. Il coule vers l'ouest et passe de 395 m d'altitude à 252 m.
Après Schaffhouse se situent les chutes du Rhin : avec un débit moyen de 373 m3/s (700 m3/s en été), il s'agit de la deuxième chute d'eau la plus puissante d'Europe après le Dettifoss en Islande. Le Haut-Rhin est marqué par de nombreux barrages, les parties naturelles comportant plusieurs rapides. À Koblenz (Suisse), le Rhin est rejoint par l'Aar, qui avec 557 m3/s est plus puissant que le premier (439 m3/s), mais plus court.
Le Haut-Rhin délimite sur la quasi-totalité de son cours la frontière entre l'Allemagne et la Suisse. La Suisse ne s'étend sur la rive nord qu'à Stein am Rhein, Schaffhouse et près de Bâle.
Douze barrages hydroélectriques au fil de l'eau sont situés tout au long de son cours. Hormis les centrales de Schaffhouse, Neuhausen et Birsfelden intégralement sur le territoire suisse, elles sont toutes à cheval entre l'Allemagne et la Suisse :
La centrale nucléaire de Leibstadt en Suisse est construite sur le bord du Rhin, dont elle utilise l'eau pour son circuit de refroidissement.
La région de Zurich - nord-est fait partie des sites qui pourraient accueillir un centre de stockage en couche géologique profonde pour les déchets nucléaires suisses.
Le site de Stadel, à proximité de la frontière allemande, est retenu, ce qui provoque colère et inquiétude en Allemagne.