Née le à Sfax, Hend Zouari est issue d'une famille de musiciens réputés: son père a accompagné les plus grands chanteurs tunisiens, son oncle occupe les fonctions de doyen à l'Institut supérieur de musique de Sfax (ISMS) et son frère Zied est l'un des meilleurs violonistes du pays.
En 1992, elle commence l'étude du qanûn, habituellement réservé aux hommes, puis intègre l'ISMS. En 2004, elle reçoit une bourse pour poursuivre ses études à Paris, où elle obtient un doctorat en musicologie à la Sorbonne en 2012.
En , elle sort son premier album, L'Envol, où elle mêle les musiques du Moyen-Orient et de l’Extrême-Orient et réinterprète Parlez-moi d’amour en arabe et français. En 2017, elle sort un nouvel album, Bledi, enregistré dans les studios du Hangar à Ivry-sur-Seine et consacré aux droits des femmes, à l'enfance menacée et à la lutte pour la liberté dans le monde.
En , Zouari participe au Congrès français d'acoustique à Marseille où elle présente, aux côtés de Jean-Marc Chouvel, Laurent Quartier et Laurent Fabre, un projet de qanûn augmenté.
