Herman Vander Linden naît à Louvain le . Il est le fils du sculpteur Gérard Vander Linden et de son épouse Louise De Vigne qui elle-même est la sœur du sculpteur gantois Paul De Vigne et la fille du sculpteur Pierre De Vigne. La sœur d'Herman, Claire Vander Linden, épouse l'architecte louvaniste Alphonse Stevens.
Herman Vander Linden fait ses études à l'école secondaire publique. Il est titulaire d'un doctorat en philosophie de l'université de Gand en 1891, avec une thèse sur la constitution de la ville médiévale de Louvain. Il est l'élève d'Henri Pirenne et Paul Fredericq. Il visite plusieurs universités allemandes et étudie à l'École nationale des chartes de Paris (1892-1894). En 1895, il obtient un doctorat spécial en sciences historiques avec une thèse sur les corporations de marchands dans les Pays-Bas médiévaux.
D' à , il enseigne l'histoire et la géographie dans une école secondaire publique d'Anvers. En 1903, il est nommé maître de conférences à l'université de Liège. Sa bibliothèque privée est détruite lors du sac de Louvain en 1914. Lui et sa famille se réfugient en Angleterre et reviennent après la fin de l'occupation allemande. Avec François Louis Ganshof, il édite les mélanges de 1926 pour Henri Pirenne, Mélanges d'histoire offertes à Henri Pirenne par ses anciens élèves et ses amis à l'occasion de sa quarantième année d'enseignement à l'Université de Gand, 1886-1926.
↑Louvain, acte de naissance n° 357 du 28 avril 1868. Herman Vander Linden, né à Louvain le 27 avril 1868, à quatre heures de l'après-midi, est le fils de Gérard Vander Linden, marié, né à Anvers, résidant à Louvain, statuaire, déclarant de la naissance. La mère est son épouse Louise De Vigne, mariée, née à Gand et résidant à Louvain. Les témoins sont Pierre De Vigne, résidant à Gand, statuaire, et Paul De Vigne, résidant à Gand, statuaire.
↑Herman Vander Linden, Histoire de la constitution de la ville de Louvain au moyen âge (Gand, 1892).