En , il est élu directeur de l'UER de littérature française. Il est nommé professeur titulaire le .
Il est élu président de l'université Paris III le et occupera ce poste de 1976 à 1981.
Jacques Chouillet et son épouse Anne-Marie Chouillet ont collaboré à l'édition scientifiques de textes de Denis Diderot, en particulier pour les Œuvres complètes de Diderot publiées chez Hermann à Paris (coll. dite DPV).
Œuvres complètes X, Fiction II, Le drame bourgeois, Paris 1982.
Le neveu de Rameau, satires, contes et entretiens, Paris, 1984, 1986, 1991, 1992.
Principales autres publications
Descartes et le problème de l'origine des langages au XVIIIesiècle, Dix-huitième siècle, 4, 1972, p. 39-60.
La formation des idées esthétiques de Diderot, 1974. Distingué par le prix Vitet, décerné par l'Académie française.
L'esthétique des Lumières, Paris 1974. Compte rendu par Félix Paknadelsem dans XVII-XVIII: Bulletin de la société d'études anglo-américaines des XVIIeetXVIIIesiècles, 1975 (vol. 1), no1, p. 34.
Diderot, Paris, SEDES (Société d'édition d'enseignement supérieur), 1977.
Diderot: poète de l'énergie, Paris 1984.
Traitements informatiques de textes du 18esiècle: actes de la table ronde, VIe Congrès international des Lumières (Bruxelles, 24-), Paris, 1984. Avec la collaboration d'Anne-Marie Chouillet.
Denis Diderot – Sophie Volland: un dialogue à une voix, Genf/Paris, 1986.
Ariste, miroir de Diderot, Revue d'histoire littéraire (A. Colin), 1965.
Bibliographie
M. Jacques Chouillet est élu président de l'Université de Paris-III, Le Monde, , en ligne.
Béatrice Didier, Un homme toujours nouveau [compte rendu], Le Monde, , en ligne.
Béatrice Didier, Le don de Tamino [compte rendu], Le Monde, , en ligne.
Anne-Marie Chouillet, Bibliographie de Jacques Chouillet, in: L'Encyclopédie, Diderot, l'esthétique: mélanges en hommage à Jacques Chouillet, Paris, Presses universitaires de France, 1990, p. 45-56.
L'Encyclopédie, Diderot, l'esthétique: mélanges en hommage à Jacques Chouillet, Sylvain Auroux, Dominique Bourel et Charles Porset (éd.), Paris, 1991.
René Pomeau, In memoriam Jacques Chouillet, in: Revue d’Histoire littéraire de la France, 90, 1991, p. 838-840.
John Pappas, [Nécrologie], in: Diderot Studies 24, 1991, p.245-246.