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Jan Quaegebeur, né le à Tielt et mort le , est un égyptologue belge et professeur à l'université catholique de Louvain.
Jan Quaegebeur fréquente le collège Saint-Jozef de sa ville natale de Tielt. Il tient son intérêt précoce pour l'Égypte antique de son oncle maternel, Jozef Vergote (1910–1992), professeur d'égyptologie à l'université catholique de Louvain. Quaegebeur poursuit ses études à l'université catholique de Louvain où il obtient sa licence en philologie classique et études orientales en 1967 avec une thèse sur Strabon en Égypte.
En 1969, il continue ses études d'égyptien auprès d'Herman De Meulenaere à l'université de Gand. En 1970-1971, il se rend en Égypte pour travailler sous la direction de Serge Sauneron (1927-1976).
En 1971-1972, il étudie à Paris avec Georges Posener, Jean-Jacques Clère, Jean Yoyotte et Françoise de Cénival. Il poursuit ensuite ses études de langue démotique, qu'il avait commencées à Leyde, sous la direction de Pieter Willem Pestman.
En 1973, il obtient son doctorat avec une thèse sur le dieu égyptien antique Chai. Il devient ensuite professeur d'égyptologie à Louvain en 1977.