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Jean Duperrex effectue tout d'abord un apprentissage de dessinateur en génie-civil, puis des études scientifiques à l'Université de Lausanne couronnées par une licence en biologie. Il se tourne alors vers la musique et étudie le saxophone et le piano. Il développe également sa voix comme guet substitut de la Cathédrale de Lausanne et s'initie à toutes sortes d'instruments venus du monde entier qui prendront place dans ses compositions. Il joue également dans diverses formations jazz et rock, comme Beau Tabou, Baron Samedi et Quartet interdit.
Parmi ses collaborations, il faut citer le duo Bricomic qu'il forme avec un autre passionné d'instruments, de sons et de rythmes, Alexandre Cellier, fils de l'ethnomusicologue Marcel Cellier, et le Family Trio avec ses filles Alice (née en 1992) et Sophie (née en 1994), avec lesquelles il donne des concerts depuis 2011.
Tour du monde dans un fauteuil avec l'Orchestre Piccolo en 2013
Parmi ses créations, il convient de citer sa première comédie musicale Le Roi Arthur, swing et aventure (2005), le spectacle Solo mio (2006) ainsi que Porta picta, œuvre pour orgue, chœur, orchestre et percussions pour l'inauguration du portail peint de la Cathédrale de Lausanne (2007). Il reçoit en 2009 une commande de l'Orchestre de chambre de Lausanne, Tour du monde dans un fauteuil, donné en 2009 et 2011 dans le cadre des concerts découvertes, à la Salle Métropole de Lausanne. Ce programme a été repris en 2013 pour les vingt ans de l'Orchestre Piccolo, en 2014 par la Fanfaribole du Conservatoire de Sion et par l’Orchestre symphonique du Salève en 2019. L’Orchestre de Chambre de Genève a présenté en 2014 deux concertos de Jean Duperrex dans un programme intitulé Concerto, vous avez dit concerto?. En 2019 Le 61e Festival de Musique de Sion a proposé à son public un concert de Jean Duperrex entouré de jeunes musiciens. Il compose également pour des compagnies de danse, Clap et Shoebiz avec la Martin's Tape Dance Company, créée lors du Festival d'Avignon (2012) et, en 2013, Mary Poppins avec l'Association pour la Formation des Jeunes Danseurs (AFJD).
Jean Duperrex a participé ponctuellement à diverses émissions de radio et de télévision,,,,. Le par exemple, la Radio Télévision Suisse a passé une émission Specimen intitulée «La musique, cette potion magique». Jean Duperrex a participé à cette expérience «psycho-acoustique cinématographique» et y a fait quelques apparitions surprises.
