Il étudie la peinture à l’École des beaux-arts de Montréal et à la Art Association School de la même ville au début des années 1950. Jeune peintre, il s'intéresse notamment au manifeste et au mouvement plasticien.
Membre de l’Association des artistes non-figuratifs de Montréal en 1956, Jean Goguen participe aux expositions de l’Association jusqu’en 1961. L’année suivante, son travail est présent dans l'exposition: La peinture canadienne moderne: 25 ans de peinture au Canada-français, une exposition importante qui prend place au 5e Festival des deux mondes, à Spolète, en Italie. Après 1964, Jean Goguen se consacre à l’enseignement à l'Université Concordia.
Le fonds d’archives Jean Goguen est conservé au centre d’archives Vieux-Montréal de Bibliothèque et archives nationales du Québec.