Il développe les idées de son oncle Bernard de Jussieu sur la classification des végétaux suivant un système basé sur la morphologie des plantes. En 1774, il fait paraître son Exposition d'un nouvel ordre des plantes, adopté dans les démonstrations du Jardin royal dans les Mémoires de l'Académie des sciences, complétée quinze ans plus tard par son Genera plantarum secundum ordines naturales disposita.
Georges Cuvier en parlera comme d'«un livre admirable, qui fait dans les sciences d'observation une époque peut-être aussi importante que la chimie de Lavoisier dans les sciences d'expérience». La méthode employée par Antoine-Laurent dans son Genera Plantarum sera reprise en zoologie par Cuvier avec sa loi de subordination des organes, et affinée puis formalisée par Augustin Pyrame de Candolle, qui la complétera en apportant de nouvelles distinctions dans la classification. Cette œuvre est à la base de toute la classification actuelle des végétaux supérieurs; en effet, on y retrouve la majorité des genres et familles décrites par Antoine-Laurent, qui ont été postérieurement corrigées et/ou complétées, puis enfin confortées par les résultats de la phylogénie.
En 1794, il est nommé directeur du nouveau Muséum national d'histoire naturelle, et il y fonde immédiatement une bibliothèque. En 1804, il occupe la chaire de Professeur de botanique à la faculté de médecine de Paris, il y restera jusqu'en 1826. En 1829, il devient membre étranger de la Royal Society. Devenu presque aveugle, il se démet de sa chaire au Muséum au profit de son fils Adrien.
En 1837, à la fin de sa vie Jussieu vient saluer le Pin laricio qu'il avait planté en 1774. Gravure extrait de Paul-Antoine Cap, Le Muséum d'histoire naturelle..., L. Curmer, Paris, 1854.
1770: An aeconomiam animalem inter et vegetalem analogiae ou Comparaison de la structure et des fonctions des organes végétaux avec les phénomènes de la vie animale (Thèse défendue devant la faculté de médecine de Paris)
1773: Mémoire sur la famille des renonculacées Dans: Histoire de l'Académie Royale des Sciences. Année 1773. Paris 1777, p.214–240(en ligne).
1774: Exposition d'un nouvel ordre de plantes adopté dans les démonstrations du Jardin royal Dans: Histoire de l'Académie Royale des Sciences. Année 1774. Paris 1777, p.175–197(en ligne).
1788-89: Genera Plantarum, secundum ordines naturales disposita juxta methodum in Horto Regio Parisiensi exaratam. Paris 1789 (en ligne).
[1824] «Principes de la méthode naturelle des végétaux» (51 p.), Dictionnaire des sciences naturelles, Paris, F.G. Levrault, vol.30, (lire en ligne[sur gallica]).
Notice Historique sur le Museum d’Histoire Naturelle. Dans: Annales du Museum d’Histoire Naturelle. Paris 1802–1808:
Méthode Naturelle des Végétaux. Dans: Dictionnaire des Sciences Naturelles. Tome 30, Straßburg/Paris 1824, p.426–468(en ligne).
Introductio in historiam plantarum. Dans: Annales des Sciences Naturelles. Botanique. 2. partie, Tome 8, 1837, p.97–160 et p.193–239(en ligne). - publié à titre posthume
Mémoire sur les caractères généraux de familles tirés des graines, et confirmés ou rectifiés par les observations de Gautner.
Dans: Annales du Museum d’Histoire Naturelle. Paris 1804–1813:
1842: Laurent de Jussieu, statue commandée à Jean-François Legendre-Héral pour le prix de 10000 francs et destinée au Jardin du Roi, (l'actuel Jardin des plantes). Cette statue se trouve encore actuellement au Jardin des plantes, à Paris. Elle a d'abord été à l'entrée de l'aile gauche de la galerie de Minéralogie et de Géologie (l'entrée de l'ancienne galerie de Botanique) de 1842 à 2013. Depuis 2013, la statue se trouve à l'accueil de l'actuelle galerie de Botanique,.
Adolphe Brongniart: Notice historique sur Antoine-Lairent de Jussieu. In Annales des sciences naturelles. Botanique. 2. Folge, Band 7, 1837, S. 5–24 (en ligne).
Pierre Flourens: Éloge historique d’Antoine-Laurent de Jussieu., dans Mémoires de l'Académie des sciences de l'Institut de France, lu le , Gauthier-Villars, Paris, 1840, tome 17, p.III-LX(lire en ligne).
Georg August Pritzel: Thesaurus literaturae botanicae. F. A. Brockhaus, Leipzig 1872–[1877] S. 160 (en ligne).
Frans A. Stafleu: Jussieu, Antoine-Laurent De. Dans: Complete Dictionary of Scientific Biography. Band 7, Charles Scribner's Sons, Detroit 2008, S. 198–199 (en ligne).
Frans Antonie Stafleu, Richard Sumner Cowan: Taxonomic literature. A selective guide to botanical publications and collections with dates, commentaries and types. Band 2: H–Le, 2. Auflage. Utrecht 1979, (ISBN90-313-0343-7), S. 477–479 (en ligne).
Peter Francis Stevens: The Development of Biological Systematics. Antoine-Laurent de Jussieu, Nature, and the Natural System. Columbia University Press, New York 1994, (ISBN0-231-06440-3).
