Karl Morgenschweis est d'abord aumônier de la prison de Straubing, puis, d' à , il est aumônier à la prison de Landsberg. Pendant l'époque du national-socialisme, il est chargé de la pastorale des opposants au régime nazi qui y sont emprisonnés. Après la fin de la Seconde Guerre mondiale, la prison est utilisée comme «prison no1 pour les criminels de guerre», dans laquelle les condamnés des procès de Nuremberg et de Dachau purgent leur peine ou sont exécutés. Au début, Karl Morgenschweis y travaille comme pasteur, puis, après la fin de la guerre, comme pasteur principal. Karl Morgenschweis prend soin non seulement des criminels de guerre emprisonnés, mais exige également qu'ils soient graciés et libérés.
Les sept derniers criminels nazis condamnés à mort, dont Oswald Pohl et Otto Ohlendorf, sont pendus à la prison de Landsberg dans la matinée du . Pohl se convertit au catholicisme le et écrit ensuite le livre Credo.Mein Weg zu Gott, publié par Morgenschweis. Karl Morgenschweis y est appelé «le leader de l'âme» (Seelenführer).
Après sa retraite, Karl Morgenschweis travaille comme pasteur au Heilig-Geist-Spital. Le , à Munich, Morgenschweis prononce un discours devant le mouvement d'extrême droiteDeutsches Kulturwerk Europäische Geist sur son séjour à la prison de Landsberg pour criminels de guerre, et qui est ensuite publié dans Der Freiwillige(de), un magazine d'anciens membres de la Waffen-SS. Au cours de son intervention, Karl Morgenschweis affirma avoir exfiltré des documents à caractère disculpant concernant les condamnés du procès de Malmedy depuis le pénitencier de Landsberg réservé aux criminels de guerre, et les avoir transmis à l'évêque Johannes Neuhäusler(de) en vue de leur exploitation ultérieure.
Karl Morgenschweis meurt à l'hôpital de Buchloe en .
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