Kinome

Le kinome est l'ensemble des kinases exprimées dans une cellule, une partie d'une cellule (membranes, organites) ou un groupe de cellules (organe, organisme, groupe d'organismes) dans des conditions données et à un moment donné. Il est à ce titre un sous-protéome, un sous-ensemble d'un protéome. Ce terme a été utilisé pour la première fois en 2002 dans deux articles du groupe de recherche dirigé par Manning analysant les 518 protéine kinases humaines et l'évolution de ces kinases chez les eucaryotes.

L'étude d'un kinome, la kinomique (kinomics en anglais), se fait avec les outils de la protéomique, le plus souvent en utilisant la spectrométrie de masse après enrichissement de l'échantillon en kinases. Cet enrichissement peut se faire par affinité entre une matrice fonctionnalisée avec des inhibiteurs de kinases (en compétition avec l'ATP) et le lysat que l'on souhaite étudier . L’étude de l’interaction des kinases avec des médicaments est une sous-catégorie de la protéomique chimique, la kinomique chimique. Des études systématiques de collections d’inhibiteurs de kinases par de telles technologies ont permis d’identifier de nombreuses cibles secondaires.

La phosphoprotéomique est une sous-discipline de la protéomique qui est en étroite relation avec la kinomique. En effet, elle s’attache à quantifier les changements du statut de phosphorylation de certains acides aminés des séquences protéiniques. Cette phosphorylation étant le résultat de l’action opposée de phosphatases et de kinases, un changement du kinome ou une inhibition de certaines kinases conduisent à des variations du phosphoprotéome. Des études systématiques du résultat moléculaire de l’action de médicaments sur le kinome permettent de mieux comprendre les voies de signalisation intracellulaire.

Notes et références

  1. ↑ (en) Manning G, Whyte DB, Martinez R, Hunter T, Sudarsanam S, « The protein kinase complement of the human genome », Science, vol. 298, no 5600,‎ , p. 1912–34 (PMID 12471243, DOI 10.1126/science.1075762)
  2. ↑ (en) Manning G, Plowman GD, Hunter T, Sudarsanam S, « Evolution of protein kinase signaling from yeast to man », Trends Biochem. Sci., vol. 27, no 10,‎ , p. 514–20 (PMID 12368087, DOI 10.1016/S0968-0004(02)02179-5)
  3. ↑ (en) Bantscheff M et al., « Quantitative chemical proteomics reveals mechanisms of action of clinical ABL kinase inhibitors », Nat Biotech, vol. 25, no 9,‎ , p. 1035–1044 (PMID 17721511, DOI 10.1038/nbt1328)
  4. ↑ Susan Klaeger, Stephanie Heinzlmeir, Mathias Wilhelm et Harald Polzer, « The target landscape of clinical kinase drugs », Science, American Association for the Advancement of Science, vol. 358, no 6367,‎ , eaan4368 (PMID 29191878, PMCID 6542668, DOI 10.1126/science.aan4368, lire en ligne, consulté le )
  5. ↑ Jana Zecha, Florian P. Bayer, Svenja Wiechmann et Julia Woortman, « Decrypting drug actions and protein modifications by dose- and time-resolved proteomics », Science, American Association for the Advancement of Science, vol. 380, no 6640,‎ , p. 93–101 (PMID 36926954, PMCID 7615311, DOI 10.1126/science.ade3925, lire en ligne, consulté le )

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