L'agence de voyage Magnitur a été créée en 1984. Magnicharters a été créée en 1994 par la famille Bojórquez pour piloter les clients de Magnitur. Ses opérations ont commencé en . Se concentrant sur le marché du tourisme intérieur, elle dessert majoritairement les principales stations balnéaires du pays.
Magnicharters est la première compagnie aérienne commerciale mexicaine à engager une femme en tant que pilote.
En 2000, Magnicharters est autorisée à proposer des vols commerciaux (auparavant uniquement des charters et des vols cargo).
En 2014, Magnicharters investi 2,5 millions de dollars pour développer sa flotte de 30%. Cette année-là, la compagnie aérienne commence à desservir les États-Unis, depuis Monterrey à Las Vegas et Orlando.
Le à 19 h 29, heure locale, le train d'atterrissage d'un Boeing 737-200 de Magnicharters ( immatriculé XA-MAC) s'est effondré à l'atterrissage à l'aéroport international de Guadalajara. L'avion avec 103 passagers et 6 membres d'équipage était à bord du vol 582 de Cancún. À la suite de l'accident, un moteur a été mis à feu, mais l'avion a été évacué à temps, de sorte qu'il n'y a eu aucun décès.
Le , à environ 18 heures, heure locale, une autre défaillance du train d'atterrissage s'est produite avec un Boeing 737-200 de Magnicharters (immatriculé XA-MAF) effectuant un vol Cancún-Guadalajara, cette fois sous le nom de Vol 585. À l’approche de l’aéroport international de Guadalajara, le train d’atterrissage ne pouvant pas être complètement abaissé, les pilotes ont donc dû atterrir sur le ventre. Il n'y a eu aucune blessure grave parmi les 108 passagers et les 8 membres d'équipage à bord.
En , un pilote de la compagnie aérienne a été licencié pour avoir laissé la chanteuse Esmeralda Ugalde s'asseoir à son siège et prendre possession du contrôle de l'avion lors d'un vol commercial. La chanteuse avait pris des photos et les avait publiées sur Twitter.
En , PROFECO a suspendu l'activité commerciale de Magnicharters parce que la société n'avait pas annoncé ses prix au public.
Le , un autre problème de train d'atterrissage sur un Boeing 737-300 s'est produit et a provoqué la défaillance de la jambe principale gauche et le balancement de l'aéronef, mais sans blessure. Une photo intitulée "MEXICO AIRPORT FIRE DEPT" montre le bras gauche de l’engrenage principal déplacé vers l’arrière avec un carénage en racine d’aile brisé. Cela ne concerne pas un LG plié, mais un problème structurel.
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