Kubo se fait connaître principalement comme compositrice d'opéra et son travail comprend un total de quelque 120 compositions. Ses thèmes préférés sont issus principalement de la littérature et de la mythologie japonaise. Son premier opéra Rashomon est fondé sur un récit d'Akutagawa Ryūnosuke, qui a aussi servi de base au film homonyme d'Akira Kurosawa. Donné pour la première fois au « Printemps de Styrie » » à Graz, l'opéra se caractérise de façon fascinante par des facettes réciproques du concept de vérité.
Son deuxième opéra, Osan, est une pièce relative au poète samouraï Chikamatsu Monzaemon. Mais les événements contemporains se retrouvent également dans l’œuvre de Kubo. Elle a récemment écrit les Chants de Sanriku sur des poèmes de Meiko Matsudaira après le dévastateur séisme de Tōhoku en .
Sa musique « est conçue avec toute l'obstination de la compréhension. Dans plusieurs de ses œuvres le comportement des gens est identifié dans des contextes sociaux». Tandis que ses modèles sont souvent issus de la culture japonaise, elle reste musicalement dans la tradition du modernisme européen. Ses «compositions sont comme une expédition dans l'inconnu et le désordonné, loin de la pureté esthétique et de l'unité stylistique». Le travail de Kubo se caractérise par une polyvalence stylistique tout en continuité biographique et un langage musical essentiellement dramatique et expressif.
Elle est cofondatrice et directrice artistique de YACOB, le « Young Asian Chamber Orchestra» Berlin.
Prix et distinctions
1978 - Bourse de travail du Ministère fédéral de l'éducation, des arts et de la culture
1979 - Prix du concours international de musique électronique et expérimentale de Bourges
1980 - Bourse de la ville de Vienne
1982 - Bourse de la Fondation Alban Berg
1983 - Bourses pour les artistes (Schreyahn) du Ministère de la Science et de la recherche de Basse-Saxe