Résumé
Dans une galaxie nommée Glaubunkt, deux mondes voisins sont sur le point d'être engloutis par un trou noir et deux familles envoient alors chacune leur bébé dans une capsule de sauvetage vers la Terre. Les capsules s'entrechoquent au moment de l'atterrissage et, au lieu de finir au sein d'un manoir où le futur Metroman s'échoue, la capsule de Megamind atterrit dans une prison de haute sécurité où il est élevé par les détenus. Arrivé à l'âge scolaire, il intègre une école où son futur rival fait preuve de ses pouvoirs et de son narcissisme. Ses tentatives pour s'intégrer échouent à cause de sa maladresse et du charisme de Metroman qui lui vaut toute l'admiration. Renvoyé en prison après avoir accidentellement mis le feu à l'école, il décide de suivre une voie criminelle, ce qui lui vaut d'affronter régulièrement son rival et de toujours perdre.
Mais, loin d'être découragé par ses multiples échecs, le jour de la grande ouverture du nouveau musée Metroman, il s'évade une énième fois de prison avec l'aide de son fidèle poisson et assistant Nounou et, afin d'attirer Metroman dans un piège mortel, enlève une fois de plus la journaliste Roxanne Ritchi. Le super-héros se lance au secours de la belle journaliste, mais contre toute attente, son plan fonctionne car selon son rival, le toit de l'observatoire en cuivre affaiblit ses pouvoirs avant qu'il ne le fasse exploser avec un rayon de la mort alimenté par le soleil et Metroman est finalement anéanti.
Dès lors, le super-vilain fait main basse sur la ville et s'adonne aux pires méfaits en toute liberté. Hélas, sans personne pour s'opposer à lui, il sent bien vite la lassitude le gagner. Il comprend qu'avoir tué Metroman le condamne à l'ennui d'une vie sans légendaires batailles entre le bien et le mal. En voulant faire sauter le dernier monument à la gloire de son ancien rival, Megamind, sous un déguisement du bibliothécaire du musée nommé Bernard, rencontre Roxanne. Ils s'éprennent l'un de l'autre, et grâce à l'idée de Roxanne que les héros ne naissent pas mais sont fabriqués, Megamind a une idée qui lui fait retrouver toute sa motivation : il veut utiliser l'ADN de Metroman pour doter quelqu'un des super-pouvoirs du défunt héros. Selon son plan, l'individu ainsi choisi deviendrait le nouveau défenseur de la ville. Mais, comme toujours, son plan déraille lorsque Roxanne entre dans son repaire. Pendant la confrontation, il injecte accidentellement l'ADN de Metroman à Hal Stewart, le cameraman et l’éternel loser amoureux de Roxanne qui hérite des super-pouvoirs. Se faisant passer pour son « père des étoiles », il décide de le former, en vue de leur affrontement, et lui inculque les notions de bien et de justice qui lui font défaut. Parallèlement, déguisé en Bernard, Roxanne et lui se rapprochent.
Mais alors qu'il semblait proche d'obtenir ce qu'il désirait le plus, rien ne va plus : après une grave dispute, Nounou démissionne, exaspéré par sa relation avec Roxanne en qui il ne voit qu'une distraction, le déguisement qui lui a permis de la séduire disparaît accidentellement et la journaliste le quitte. De plus, Hal, devenu « Titan », n'aspirait à devenir un super-héros que pour conquérir celle qu'il aimait, mais elle n'a pas voulu de lui malgré son statut. Megamind s'arrange pour combattre Titan le lendemain, mais ce dernier ne se présente pas. Agacé, il se rend chez son adversaire et est stupéfait de voir que celui-ci utilise ses nouveaux pouvoirs pour commettre des crimes. Pour le pousser à se battre contre lui, il lui révèle les déguisements qui lui ont permis de le berner et de séduire Roxanne. Un combat s'engage entre les deux protagonistes, mais Titan semble décidé à le tuer. L'extraterrestre l'enferme dans du cuivre, sauf qu'Hal s'en échappe et Megamind est contraint de s'enfuir.
Malgré lui, Megamind va devoir faire face à cette nouvelle menace. Il veut éviter la destruction de Metro City, avec pour toute aide Roxanne qui lui reproche encore la mort de Metroman et ses derniers mensonges. Afin de découvrir les faiblesses de l'ancien super-héros, la journaliste — qui a du mal à accepter ses sentiments pour Megamind — emmène celui-ci à son ancienne école qui sert d'entrée à la base secrète de Metroman. Ils découvrent à leur grande surprise que ce dernier est toujours vivant et leur explique qu'il avait décidé d'arrêter sa vie de super-héros, dont il s'était lassé. Il a ainsi simulé sa mort, en inventant notamment une prétendue faiblesse face au cuivre, afin de se consacrer exclusivement à la musique sous le nom de Musicman, bien qu'il ne soit pas très doué, et encourage cependant Megamind à réfléchir quant au sens réel de son existence.
Déprimé par cette révélation, l'alien décide de se rendre au directeur de la prison et se retrouve à nouveau enfermé dans sa cellule. Mais Titan prend Roxanne en otage et Megamind tente de convaincre le directeur de la prison (qui est en fait Nounou déguisé) que lui seul peut sauver la ville. Il s'évade avec l'aide de son assistant et se fait passer pour Metroman revenu à la vie, et Nounou comme Megamind — ceci pour impressionner Titan qui a toujours été un admirateur inconditionnel du super-héros. Un tic de langage le trahit cependant et Titan prend le dessus sur lui. Megamind parvient cependant à priver Titan de ses pouvoirs après un combat épique et finit par admettre n'avoir au fond jamais été fait pour une vie criminelle et ne regrette pas d'avoir choisi la voie du bien. Le jour de l'inauguration du musée à son effigie, il est acclamé en héros par les habitants de Metro City (y compris par Metroman en habits civils) et devient le protecteur de la ville, alors que Hal est incarcéré dans son ancienne cellule.
États-Unis
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