Microchthonius tragurion est une espèce de pseudoscorpions de la famille des Chthoniidae.
Cette espèce est endémique de Croatie. Elle se rencontre dans la grotte Jama kod Gomilje à Blizna Donja.
Le mâle holotype mesure 1,02 mm et la femelle paratype 1,19 mm.
Son nom d'espèce lui a été donné en référence au lieu de sa découverte, Tragurion, le nom grec de Trogir.