Microchthonius est un genre de pseudoscorpions de la famille des Chthoniidae.
Les espèces de ce genre sont endémiques de Croatie.
Selon Pseudoscorpions of the World (version 3.0) :
et décrites depuis
Ce genre a été décrit en tant que sous-genre de Chthonius. Il a été élevé au rang de genre par Beier en 1963. Il est replacé comme sous-genre par Judson en 1992. Il a été de nouveau considéré comme un genre par Zaragoza en 2017.