Microchthonius dernisi est une espèce de pseudoscorpions de la famille des Chthoniidae.
Cette espèce est endémique de Croatie. Elle se rencontre dans la grotte Škarin Samograd à Mirlović Zagora.
La femelle holotype mesure 1,45 mm.
Son nom d'espèce lui a été donné en référence au lieu de sa découverte, Drniš.