Le toponyme Kisco pourrait venir d'un mot delaware, asiiskao («boue»). Il apparaît dans les registres de colonisation sous la forme Cisqua, pour désigner une prairie autorisant () des Indiens à y camper. L'adresse postale Mount Kisko apparaît peu après 1850. L'orthographe actuelle remonte à 1875, date de l'enregistrement en tant que village. La ville est arrosée par la Kisco River, qui se déverse dans le lac de retenue de New Croton.
Mount Kisco dépendait à l'origine des villes de Bedford et de New Castle,. Mount Kisco a obtenu le statut de ville en 1978,.
Le réseau d'égouts de Mount Kisco, le cottage de Merestead, la collégiale Saint-Marc et son cimetière, ainsi que le temple méthodiste ont été inscrits au National Register of Historic Places en 1997.
Rick Carey (Richard John Carey), ancien nageur, triple médaillé d'or olympique en dos et ancien détenteur du record du monde dans trois épreuves, est né en 1963 à Mount Kisco.
Bennett Cerf, éditeur, personnalité de la télévision
Atherton Curtis (1863-1943) y fonde une communauté d'artistes entre 1898 et 1903