En juin 1994, il est élu au parlement du canton de Glaris puis, en mai 1998, au gouvernement cantonal où il prend en charge les travaux publics. À la suite de la démission du conseiller aux ÉtatsFritz Schiesser, désigné à la présidence du Conseil des écoles polytechniques fédérales, les délégués du Parti radical-démocratique glaronnais désigne Pankraz Freitag comme candidat à sa succession le . Dans la foulée, le socialisteWerner Marti et l'indépendant René Brandenberger présentent également leur candidature. Lors du scrutin organisé le , Pankraz Freitag est élu avec 4 969 voix, dépassant ainsi la majorité absolue de 4 568 voix; Werner Marti arrivé deuxième ne remporte que 2 975 voix.
À la suite de son élection, Freitag quitte le gouvernement cantonal, son successeur étant élu le .
Il meurt subitement dans la nuit du 4 au ,. Il est remplacé au Conseil des États par Thomas Hefti.
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