Il étudie l'animation à l'Académie royale des beaux-arts de Gand,. Il est diplômé en 2003 avec
son film de fin d’études, Moodswing, une parodie sur les conventions du genre sitcom. Le film est sélectionné dans plus de 100 festivals et il remporte le grand prix du Festival international du film d'animation de Bruxelles (Anima) en 2004 ainsi que le prix Francois Pycke de l’Académie de Gand. En 2007, il est l'un des cinéastes à participer à DichtVorm, une compilation de courts métrages d'animation basés sur la poésieflamande contemporaine. Depuis, il réalise plusieurs courts métrages comme Signé (2007), La Veillée (2011 – prix de la SABAM Anima 2013), Tree (2014), My Heart Is Not Here (2015), I Shall Not Move (2016), Beast! (2016 – meilleure musique originale au Festival international du film d’animation d’Annecy), Urge (2017) et Our Spot (2017). Il réalise encore le court métrage Le Passant en 2020.
En 2015, il sort le roman graphiqueWoekeraar aux éditions Xtra,. Cet ouvrage est traduit en français sous le titre L'Arborescent et publié dans la collection «Lune Froide» aux éditions Presque Lune en 2017. Il connaît également une traduction en anglais: Outburst.
Pieter Coudyzer (interviewé par Katia Bayer), «Pieter Coudyzer: «Pour moi, l'émotion d'un film vient de la forme»», Format court, (lire en ligne, consulté le ).