Les archée d'Asgård partagent des traits que l'on croyait propres aux eucaryotes. De ce fait, on considère généralement que le clade qui les inclut comprend aussi les eucaryotes, à ceci près que ces derniers sont issus de l'endosymbiose d'au moins une α-protéobactérie (devenue leur mitochondrie) et ne sont plus des «procaryotes» et donc plus des archées. Ce clade élargi est dénommé Eukaryomorpha. Cette approche signe la fin du modèle à trois domaines, les archées devenant un groupe paraphylétique à la base des eucaryotes.
Écologie
Les archées d'Asgård sont généralement thermophiles avec les variations suivantes:
Les archées d'Asgård codent certaines protéines semblables à celles des eucaryotes, les profilines qui régulent la polymérisation de l'actine, un constituant du cytosquelette des cellules. Elle intervient aussi dans les déplacements de vésicules ou d'organites et dans l'endocytose ou la phagocytose. Ainsi l'ancêtre commun à la bifurcation archées - eucaryotes était doté de mécanismes qui ont permis l'endocytose fondatrice des eucaryotes.
Une étude montre que ces archées sont hétérotrophes: elles se nourriraient de matière organique et rejetteraient à des degrés divers de l'hydrogène ou d’autres produits de réduction. De leur côté, certaines α-protéobactéries produisent des enzymes spécialisées dans le métabolisme de l'hydrogène. L'étude suggère donc que ces archées et l’ancêtre des mitochondries vivaient en symbiose avant qu'une endosymbiose intervienne et soit pérennisée chez les eucaryotes.
Les archées d'Asgård n'étaient connus que par des fragments de génomes récoltés dans des sédiments. En 2019, au bout de douze ans d'efforts, une équipe japonaise parvient à en cultiver une espèce, Prometheoarchaeum syntrophicum, accompagnée d'une archée méthanogène du genre Methanogenium (abritée dans ses longs tentacules) et d'une bactérie du genre Halodesulfovibrio (puis les deux espèces d'archées sans la bactérie). De croissance extrêmement lente, Prometheoarchaeum syntrophicum (souche MK-D1) est un organisme de petite taille (∼550 nm), anaérobie, qui dégrade des acides aminés et des peptides par syntrophie avec l'archée Methanogenium ou avec la bactérie Halodesulfovibrio,,.
En 2022, une nouvelle espèce d'asgards récoltée dans la boue d'un estuaire en Slovénie, Lokiarchaeum ossiferum, est cultivée (après sept ans d'efforts) et étudiée en détail par microscopie électronique, qui dévoile plusieurs dizaines de fins tentacules comportant des épaississements et des excroissances ainsi qu'un cytosquelette s'étendant jusque dans les tentacules. Le génome de cette espèce et celui d'une autre espèce découverte au même endroit ont pu être séquencés entièrement. Ils comportent notamment quatre gènes codant des complexes protéiques qui chez les eucaryotes servent à plier, découper et assembler les membranes afin de relier les compartiments internes. Le cytosquelette et la machinerie de manipulation des membranes ne sont donc pas une innovation des eucaryotes,.
En 2019, une thèse identifie de nouvelles classes: Idunnarchaeia, Freyarchaeia, Baldrarchaeia, Friggarchaeia et Gefionarchaeia, à partir de 69 génomes issus d'assemblages métagénomiques,. Selon les résultats —encore préliminaires— de cette étude, les Idunnarchaeia seraient les archées les plus proches des Eucaryotes. Le dernier ancêtre archéal commun des Eucaryotes (DAACE) trouverait son origine dans ou à la base du cladeIdunnarchaeia + Heimdallarchaeia qui serait, dans cette deuxième hypothèse, le groupe frère des Eukaryota. L'étude suggère que ce DAACE ne possédait pas de voie de Wood-Ljungdahl et codait des protéines d'origine bactérienne, ce qui témoignerait de transferts horizontaux de gènes entre bactéries et archées. «La phylogénomique des archées d'Asgård suggère l'accumulation des composants de l'«eucaryome» mobile des archées chez l'ancêtre archéen des eucaryotes (à l'intérieur ou à l'extérieur d'Asgård) par le biais d'importants transferts horizontaux de gènes».
En 2021, l'analyse comparative de 162 génomes d'asgards élargit considérablement la diversité phylogénétique de ce phylum et conduit à proposer six classes supplémentaires dont un clade ancestral provisoirement dénommé Wukongarchaeia. De nouvelles protéines proches de protéines considérées comme caractéristiques des eucaryotes sont aussi découvertes dans plusieurs phylums, ce qui suggère une évolution dynamique par transfert horizontal, perte et duplication de gènes, voire un brassage entre domaines. En revanche cette étude ne permet pas de trancher entre les deux positionnements possibles du dernier ancêtre commun des eucaryotes, un clade frère du clade Heimdallarchaeia–Wukongarchaeia au sein des asgards, ou bien un clade frère des asgards au sein des archées.
En 2025, une étude métagénomique reconstitue le génome presque complet de 223 espèces d'Asgårds et identifie 16 lignées au rang du genre. Elle montre que les Eucaryotes sont apparus en amont du clade des Heimdallarchaeia, avant leur diversification.
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