Institut de biologie et chimie des protéines (d) (à partir du ) Institut de biologie et de chimie des protéines (d) (à partir du ) Institut de biologie physico-chimique ( - )
Richard Lavery, né le à Aldershot (Royaume-Uni) et mort le à Jonage (France), est un physicochimiste franco-britannique, directeur de recherche au CNRS et spécialiste de la modélisation moléculaire ainsi que des simulations atomistiques de biomacromolécules.
Ses travaux portent principalement sur la structure, la dynamique et la modélisation des acides nucléiques, en particulier de l’ADN. Au cours de sa carrière, il reçoit plusieurs distinctions scientifiques, dont la médaille d’argent du CNRS en 1999.
À partir des années 2020, il développe également une activité en photographie, présentée, entre autres, dans le cadre d’expositions de la Royal Photographic Society.
Biographie
Richard Lavery naît en 1952 à Aldershot, dans le sud de l’Angleterre. Il est le fils de James Lavery, officier de l’armée britannique, et de Dorothy Simpson. Au début de la crise de Suez, en 1956, son père est affecté à Malte, où la famille réside pendant trois ans. De retour au Royaume-Uni, Richard Lavery poursuit sa scolarité, d’abord à Norwich puis à Farnborough.
Il entreprend ensuite des études à l’Université de Manchester, où il obtient un Bachelor of Science en 1973, puis un doctorat (PhD) en chimie quantique en 1976. Il effectue ensuite un stage postdoctoral à Bangalore auprès du scientifique indien G. N. Ramachandran, spécialiste de la structure des peptides.
Au cours de son séjour en Inde, il rencontre le physicochimiste Bernard Pullman et son épouse Alberte Pullman, qui l’invitent à rejoindre leur laboratoire à Paris. Installé durablement en France, il soutient en 1983 une thèse d’État ès sciences en biophysique à l’Université Paris-VI .
Au sein du laboratoire dirigé par Bernard Pullman, il rencontre la biophysicienne polonaise Krystyna Zakrzewska, qu’il épouse en 1978. Les deux chercheurs collaborent étroitement tout au long de leur carrière scientifique.
Le couple vit en région parisienne jusqu’en 2009, date à laquelle il s’installe à Jonage, dans la région lyonnaise. Richard Lavery y meurt en 2026, deux ans après le décès de Krystyna Zakrzewska .
En 2009, il est affecté à l’Institut de biologie et chimie des protéines à Lyon, où il anime le groupe «Bioinformatique: structures et interactions». En 2018, il devient directeur de recherche émérite et cesse progressivement ses activités scientifiques.
Richard Lavery a été l'un des pionniers de la modélisation moléculaire des acides nucléiques. Il est surtout connu pour avoir développé le logiciel Curves, puis Curves+, devenus des références pour l'analyse conformationnelle de l'ADN et de l'ARN. Il a par ailleurs conçu le programme JUMNA (Junction Minimisation of Nucleic Acids), qui, grâce à l'emploi de variables internes et hélicoïdales, permet d'explorer les grandes déformations de l'ADN et les complexes acides nucléiques–ligands.
Il a été l’un des principaux animateurs de l’Ascona B-DNA Consortium (ABC), un effort international réunissant une dizaine de laboratoires, dont celui de Modesto Orozco, constitué lors d’un atelier à Ascona en 2002. Le consortium vise à décrire par dynamique moléculaire les effets de séquence sur la structure et la dynamique de l’ADN-B, en simulant l’ensemble des 136 tétranucléotides distincts. Ces travaux ont montré que le comportement d’un pas dinucléotidique dépend fortement des paires de bases qui l’encadrent, si bien que les modèles dinucléotidiques ne suffisent pas à prédire les propriétés de l’ADN.
Ses recherches ont notamment mis en évidence le couplage entre la flexibilité de l’ADN et les fluctuations locales des paires de bases, ainsi que le rôle des effets de voisinage dans la conformation des séquences nucléiques. Ils ont aussi contribué à une meilleure compréhension des polymorphismes structuraux de l’ADN et de leurs implications en biophysique et bioinformatique structurale.
Publications significatives:
P. Cluzel, A. Lebrun, C. Heller, R. Lavery, J.-L. Viovy, D. Chatenay and F. Caron, DNA: An Extensible Molecule, Science, 1996, 271, 792-794.
E. Giudice and R. Lavery, Simulations of nucleic acids and their complexes, Acc. Chem. Res., 2002, 35, 350-357.
R. Lavery, K. Zakrzewska, D. Beveridge, T. C. Bishop, D. A. Case, T. Cheatham, S. Dixit, B. Jayaram, F. Lankas, C. Laughton, J. H. Maddocks, A. Michon, R. Osman, M. Orozco, A. Perez, T. Singh, N. Spackova and J. Sponer, A systematic molecular dynamics study of nearest-neighbor effects on base pair and base pair step conformations and fluctuations in B-DNA, Nucl. Ac. Res., 2010, 38, 299-313.
P. D. Dans, A. Perez, I. Faustino, R. Lavery and M. Orozco, Exploring polymorphisms in B-DNA helical conformations, Nucl. Ac. Res., 2012, 40, 10668-10678.
A. Reymer, K. Zakrzewska and R. Lavery, Sequence-dependent response of DNA to torsional stress: a potential biological regulation mechanism, Nucleic Acids Research, 2018, 46, 1684-1694.
Prix et distinctions
2012: Prix de biophysique de l’International Society of Quantum Biology and Pharmacology (ISQBP)
1985: prix Estrade-Delcros de l’Académie des sciences
1981: prix Nine Choucroun de l’Institut de biologie physico-chimique (IBPC)
Photographie
Richard Lavery se passionne pour la photographie. Il obtient le titre de Licentiate (LRPS) de la Royal Photographic Society en 2018, puis celui d’Associate (ARPS) en 2020, attestant de la reconnaissance de son travail photographique par cette institution.
À partir de 2020, il développe une activité photographique régulière. Ses créations sont présentées dans le cadre d’expositions organisées par la Royal Photographic Society, notamment l’exposition internationale Windows on the World,.
Son travail photographique comprend, entre autres, la série Golden Lines, diffusée en ligne.
↑(en) Richard Lavery et Heinz Sklenar, «The definition of generalized helicoidal parameters and of axis curvature for irregular nucleic acids», Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, vol.6, no1, , p.63–91 (PMID2482765, DOI10.1080/07391102.1988.10506483)
↑(en) Richard Lavery, Maher Moakher, John H. Maddocks, Daiva Petkeviciute et Krystyna Zakrzewska, «Conformational analysis of nucleic acids revisited: Curves+», Nucleic Acids Research, vol.37, no17, , p.5917–5929 (PMID19625494, DOI10.1093/nar/gkp608)
↑(en) Richard Lavery, Krystyna Zakrzewska et Heinz Sklenar, «JUMNA (junction minimisation of nucleic acids)», Computer Physics Communications, vol.91, nos1–3, , p.135–158 (DOI10.1016/0010-4655(95)00046-I)
↑Reymer, Zakrzewska et Lavery, «Sequence-dependent response of DNA to torsional stress: a potential biological regulation mechanism», Nucleic Acids Research, no46, , p.1684–1694
↑Cluzel, «DNA: An extensible molecule», Science, vol.271, , p.792–794
↑(en) Giudice, «Simulations of nucleic acids and their complexes», Accounts of Chemical Research, no35, , p.350–357
↑Lavery, «A systematic molecular dynamics study of nearest-neighbor effects on base pair and base pair step conformations and fluctuations in B-DNA», Nucleic Acids Research, vol.38, , p.299–313
