RmYN02

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Bat SL-CoV-RmYN02
Description de l'image Defaut 2.svg.
Classification
Domaine Riboviria
Règne Orthornavirae
Embranchement Pisuviricota
Classe Pisoniviricetes
Ordre Nidovirales
Sous-ordre Cornidovirineae
Famille Coronaviridae
Sous-famille Orthocoronavirinae
Genre Betacoronavirus
Sous-genre Sarbecovirus
Espèce SARSr-CoV

forme

Bat SL-CoV-RmYN02
 

Classification phylogénétique

Position :

Le Coronavirus de chauve-souris RmYN02 lié au SRAS ou Bat SL-CoV-RmYN02 est un betacoronavirus qui infecte la chauve-souris Rhinolophus malayanus. Cette souche de coronavirus lié au syndrome respiratoire aigu sévère a été découverte dans des excréments de chauves-souris collectés entre mai et sur des sites du xian de Mengla, dans la province du Yunnan, en Chine.

C'est la deuxième souche la plus proche du SARS-CoV-2, la souche virale responsable de la COVID-19, partageant 93,3% d'identité nucléotidique à l'échelle du génome viral complet. La SL-CoV-RmYN02 contient une insertion au site de clivage S1 / S2 dans la protéine de pointe, comme dans le SARS-CoV-2, suggérant que de tels évènements d'insertion peuvent se produire naturellement, ce qui a fait l'objet d'un article publié dans Nature par des scientifiques de l'Institut de virologie de Wuhan.

Position phylogénétique

L'arbre phylogénétique de la branche des coronavirus apparentés au SARS-CoV-2, tel qu'obtenu sur la base du gène RdRp, est le suivant,, :

Rc-o319, proche à 81 % du SARS-CoV-2, Rhinolophus cornutus, Iwate, Japon (récolté en 2013, publié en 2020)


SL-ZXC21, 88 %, Rhinolophus pusillus, Zhoushan, Zhejiang (récolté en 2015, publié en 2018)

SL-ZC45, 88 %, Rhinolophus pusillus, Zhoushan, Zhejiang (récolté en 2017, publié en 2018)

SL-CoV-GX, 89 %, Manis javanica, Asie du Sud-Est (récolté en 2017, publié en 2020)

SL-CoV-GD, 91 %, Manis javanica, Asie du Sud-Est


RacCS203, 91,5 %, Rhinolophus acuminatus, Chachoengsao, Thaïlande (métagénome de 4 coronavirus collectés en juin 2020, publié en 2021)



RmYN02, 93,3 %, Rhinolophus malayanus, Mengla, Yunnan (récolté en juin 2019, publié en 2020)

RpYN06, 94.4 %, Rhinolophus pusillus, Mengla, Yunnan (récolté en mai 2020, publié en 2021)

RshSTT182, 92,6 %, Rhinolophus shameli, Stoeng Treng, Cambodge (récolté en 2010, publié en 2021)

RaTG13, 96,1 %, Rhinolophus affinis, Mojiang, Yunnan (récolté en 2013, publié en 2020)

SARS-CoV-2 (100 %)

SARS-CoV-1, proche à 79 % du SARS-CoV-2


Découverte

Le Bat SL-CoV-RmYN02 a été collecté entre mai et par l'Institut de virologie de Wuhan, sur la base d'une analyse de 302 échantillons de matière fécale prélevés sur 227 chauves-souris dans le xian de Mengla, dans la province du Yunnan, en Chine.

Voir aussi

Notes et références

  1. ↑ (en) Maciej F. Boni, Philippe Lemey, Xiaowei Jiang, Tommy Tsan-Yuk Lam, Blair W. Perry, Todd A. Castoe, Andrew Rambaut et David L. Robertson, « Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic », Nature Microbiology, vol. 5, no 11,‎ , p. 1408-1417 (PMID 32724171, DOI 10.1038/s41564-020-0771-4, lire en ligne)
  2. 1 2 3 Hong Zhou, Xing Chen, Tao Hu, Juan Li, Hao Song, Yanran Liu, Peihan Wang, Di Liu, Jing Yang, Edward C. Holmes et Alice C. Hughes, « A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein », Current Biology, vol. 30, no 11,‎ , p. 2196–2203.e3 (ISSN 1879-0445, PMID 32416074, PMCID 7211627, DOI 10.1016/j.cub.2020.05.023)
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