SOAPdenovo

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SOAPdenovo
Informations
Développé par Institut de génomique de Pékin
Dernière version r240
Environnement UNIX (Linux, Mac OS X)
Type Bio-informatique
Licence GPL version 3.0
Site web

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SOAPdenovo est un logiciel d'assemblage de novo de courtes séquences d'ADN produites par un séquenceur de gènes . Cet outil fait partie de la suite logicielle SOAP (Short Oligonucleotide Analysis Package).

Historique

SOAPdenovo a été développé en 2009 par l'Institut de génomique de Pékin. Ce logiciel a été utilisé pour la première fois dans un projet visant à assembler de novo la séquence du génome humain, et ce, de manière rapide et économique. Le même logiciel fut utilisé un an plus tard pour assembler, de la même façon, le génome du panda géant.

Notes et références

  1. ↑ Illumina GA
  2. ↑ BGI Americas Bioinformatics Software
  3. ↑ Li R, Zhu H, Ruan J et al., De novo assembly of human genomes with massively parallel short read sequencing. Genome Research Fév 20(2), 2009, p. 265-272.
  4. ↑ Li R, Fan W, Tian G et al. (2010) The sequence and de novo assembly of the giant panda genome. Nature 463:311-317.

Voir aussi

Liens externes