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L'histoire de la municipalité commence en 1800 alors que le gouvernement du Bas-Canada a alloué le canton d'Upton a Alexander Grant. La portion nord du canton englobait alors les territoires de la municipalité de Saint-Guillaume et Saint-Bonaventure, qui a été détachée en 1856.
D'abord non-chaland dans son administration, Grant a décidé de prendre en charge son canton et de concéder légalement par le biais de contrats en 1826, les terres occupées ''illégalement'' depuis 1815-1820. À cette époque, environ 250 personnes formant 65 familles se trouvent dans le canton, au ruisseau des chenes et l'amont de la riviere aux vaches, souvent le résultat de confusion des limites avec la seigneurie Deguire.
1ers colons et défrichement
La période de 1840 à 1856 représente la transformation complète du territoire de Saint-Bonaventure, passant d'un massif forestier inhabité à une Paroisse officiellement reconnue par les autorités civiles et religieuses.
1840 - 1841: L'attente et l'arpentage
Une forêt vierge: Bien que le canton d'Upton ait été arpenté dès 1792, les terres entourant la Rivière-aux-Vaches et la rivière Saint-François demeurent sauvages et isolées au début des années 1840.
L'attraction de Saint-Guillaume: La paroisse voisine de Saint-Guillaume-d'Upton commence à se structurer. C'est à partir de ce noyau que les futurs colons préparent leur avancée vers l'est.
1842 - 1854: Le défrichage et l'établissement des familles
Octobre 1842: Antoine Lupien arrive officiellement et s'installe sur le territoire. Il abat les premiers arbres et bâtit la première maison.
L'arrivée des renforts (1843+): Joseph Lupien, Jos Joyal, Léon Côté et François Nault le rejoignent rapidement. Ils ouvrent le tracé historique du 5e rang du canton d'Upton.
Une croissance rapide: En l'espace de dix ans, des dizaines de familles canadiennes-françaises s'installent pour cultiver la terre. Administrativement, tous ces colons dépendent entièrement du village de Saint-Guillaume.
1855 - 1856: L'indépendance et la fondation
Juillet 1855: Le gouvernement crée la municipalité du canton d'Upton-Partie-Nord-Est. Cette entité temporaire regroupe légalement Saint-Guillaume et le secteur embryonnaire de Saint-Bonaventure.
Février 1856: Face à l'augmentation de la population, Mgr Thomas Cooke décrète l'érection canonique de la paroisse de Saint-Bonaventure.
Juin 1856: L'érection civile est proclamée. Les limites géographiques de la future municipalité sont officiellement tracées dans la loi. Au terme de l'année 1856, Saint-Bonaventure possède une existence légale et religieuse propre, mettant fin à quatorze ans de dépendance directe envers Saint-Guillaume
Tornade de 1975
Le , une tornade avec des vents de plus de 300km/h a frappé le village. Elle fait quatre morts: trois décès le jour de la tornade qui a frappée vers les 17 heures, et un 4e quelques jours plus tard à l'hôpital. Plus d'une centaine de maisons et fermes ont été endommagées et même détruites pour certaines. Comme conséquence, une station météorologique permanente a été installée quelques années plus sur la rue Labonté à 2 pas de la nouvelle église.
Géographie
Vue aérienne de Saint-Bonaventure.
La rivière Saint-François délimite le nord-ouest de la municipalité en coulant vers nord-ouest.
À partir de son crénon, dans le nord-est, la Petite rivière Noire coule vers le nord-ouest.
La rivière aux Vaches y coule du sud-est vers le nord-ouest en traversant le centre de l'agglomération.
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Canada
Québec
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