Les deux espèces du genre Scaphohippus ont été initialement décrites comme appartenant au taxon Merychippus, un genre de chevaux aujourd'hui considéré comme un taxon fourre-tout, en 1915 par le paléontologue américain John Merriam. Le genre a été décrit à partir de spécimens trouvés dans la formation de Barstow, dans le désert des Mojaves, en Californie. Les spécimens de Scaphohippus étaient des chevaux de taille moyenne possédant des dents hypsodontes (à couronne haute). En 2006 Pagnac a conclu que les deux espèces faisaient partie d'un genre distinct qu'il a nommé Scaphohippus.
Dans la formation de Barstow, les deux espèces de Scaphohippus ne côtoient qu'un seul autre cheval hypsodonte, Acritohippus stylodontus. Scaphohippus semble s'être développé dans les Grandes Plaines à la fin de l' Hemingfordien, il y a environ 17 à 16 millions d'années, et avoir migré vers le Grand Bassin des États-Unis il y a environ 15 millions d'années. Les Grandes Plaines et le Grand Bassin furent alors isolés par des barrières tectoniques; Scaphohippus s'éteignit dans les Grandes Plaines, mais survécut dans le Grand Bassin jusqu'à la disparition de ces barrières il y a environ 13 millions d'années, date à laquelle Scaphohippus s'éteignit également dans le Grand Bassin. Les valeurs δ 13 C de Scaphohippus sp. de la formation de Barstow en Californie étaient plus élevées que celles de ses contemporains non équidés et suggèrent qu'il était parmi les consommateurs les plus prolifiques de graminées C 4 dans son environnement.
1234(en) Darrin Pagnac, «Scaphohippus, A New Genus of Horse (Mammalia: Equidae) from the Barstow Formation of California», journal of mamalian evolution, (lire en ligne[PDF])
1234Darrin Pagnac, «Scaphohippus, A New Genus of Horse (Mammalia: Equidae) from the Barstow Formation of California», Journal of Mammalian Evolution, vol.13, no1, , p.37–61 (ISSN1573-7055, DOI10.1007/s10914-005-9002-2, lire en ligne, consulté le )
