Le Docteur Neo Cortex (l'ennemi juré de Crash Bandicoot) s’est allié avec Ripto (l’ennemi juré de Spyro), et ils ont l’intention de se débarrasser des deux héros. D’abord adversaires à la suite d'une ruse des deux antagonistes, Crash et Spyro deviennent amis et joignent leurs forces pour les vaincre.