Blackburn Rovers
Mokoena 2005. január 8-án bemutatkozhatott a Blackburn Roversben: a Cardiff City elleni FA-kupa-meccsen a 43. percben állt be Barry Ferguson helyére. Ezt követően Mark Hughes nagyon jó szervezőnek nevezte, de a menedzser megemlítette azt is, hogy még fejlődnie kell a védekezésben. Mokoena a szezon hátralevő részében a kezdőcsapat állandó tagja lett, összesen 22 meccsen játszott. Hughes egy szervező középpályásként használta a csapat 4-5-1-es felállásában (hármas középpályássor), a taktikával elismerve, hogy a Blackburnnek a kiesés elől kell menekülnie. A menedzser később visszatért a 4-4-2-es formációhoz. Ezután Mokoena ritkábban játszott, általában második félidei csereként lépett pályára, ha nem az általa kedvelt 4-5-1-et játszották, de jó védekezésével hozzásegítette csapatát a győzelmekhez. Robbie Savage sérülése miatt 2007-ben a legtöbb meccsen kezdett, 2007. március 11-én a Manchester City elleni hatodik fordulós FA-kupa-meccsen megszerezte első blackburni gólját. A mérkőzésen egyébként kiállították második sárga lappal. Második, és egyben utolsó Rovers-gólját a Sunderland ellen lőtte 2009 februárjában, az Ewood Parkban rendezett FA-kupa újrajátszáson (2–1-es kék-fehér siker) lőtt gólját a 2008–09-es szezon góljának választották. Mokoena utolsó Blackburn-meccsét 2009. május 24-én játszotta az Ewood Parkban a West Bromwich Albion ellen játszotta (0–0).
Portsmouth
2009. május 24-én csatlakozott a Premier League-szereplő Portsmouth csapatához, ahol hároméves szerződést kötött. Első gólját 2010. január 12-én a Ricoh Arenában rendezett, Coventry City elleni harmadik körös megismételt FA-kupa-meccs utolsó percében lőtte. Ez volt a klub történetének egyik legfontosabb gólja, a találattal továbbléptek a sorozat 4. körébe, majd meg sem álltak a döntőig, ahol a Chelsea-től kaptak ki. Aaron főszereplő volt a Coventry, Sunderland, a déli parti rivális Southampton, a Birmingham és a Tottenham ellen. Rendszeres játékot akart, mivel ott akart lenni a hazájában rendezett 2010-es labdarúgó-világbajnokságon.
Mokoena első angol bajnoki gólját (beleértve a blackburni időszakot is, ezelőtt a gól előtt már szerzett hármat a kupában) 2010. szeptember 28-án a Bristol City elleni 3–1-es siker 58. percében szerezte, a meccsen végig a Fratton Park gyepén volt.
2010. október 28-án Mokoena egy új, két és fél évre szóló megállapodást kötött a Pompeyjel. Minden sorozatot figyelembe véve 70 meccsen 3 gólt szerzett a kékek mezében. 2011. június 18-án megszellőztette, hogy elhagyja a Portsmouthot, mert frusztrált amiatt, hogy rendre csak a padon kap lehetőséget. Végül maradt, és együtt játszhatott Futács Márkóval.
Miután a Portsmouthtól levontak 10 pontot, ami később a klub harmadosztályba való kiesését okozta, Mokoenát a lehetséges távozó kulcsemberek között emlegették magas fizetése miatt. Ezalatt egyre valószínűbb lett Mokoena Bidwest Vitshez való távozása, és nem jelent meg az alapozás első edzésén. Július 10-én Michael Appleton menedzser kijelentette, szerinte Mokoena 24 órán belül elhagyja a csapatot.
2012. július 12-én Mokoena megállapodott a szerződésbontásról.
.svg){kind=small}
