Halobacteriota

Halobacteriota
Rendszertani besorolás
Domén: Archeák (Archaea)
Főtörzs: Euryarchaeota
Törzs: Halobacteriota
Chuvochina et al. 2023 in Oren et Göker 2024
Típusnemzetség
Halobacterium
Hivatkozások
A Wikifajok tartalmaz Halobacteriota témájú rendszertani információt.

A Halobacteriota (korábban Halobacterota) az archeák (Archaea) egyik törzse.

Történet

A Halobacteria az egyik elsőként azonosított archeacsoport volt. Eleinte az Euryarchaeota törzsbe sorolták, majd 2020-ban Parks et al. a Halobacteriota törzse sorolták a Genome Taxonomy Database-ben (GTDB) elérhető adatok alapján.

Bräuer et al. nevezték el 2020-ban Halobacterotának. Az International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 2024. február 1-én megjelent 215. érvényesítési listájában érvényesítette az átnevezést Halobacteriotára.

2022-ig csak itt voltak ismertek citokróm b-t használó metanogének, ekkor fedezték fel a Thermoproteota törzsbe sorolt Methylarchaeum tengchongensist.

Anyagcsere

A Wood–Ljungdahl-út, az acetátból való metanogenezis, a koenzim M, F430, F420 és a metanofurán szintézisének fehérjéire, a I. légzési komplex, a szukcinát-dehidrogenáz, a citokróm c-reduktáz és a citokróm c-oxidáz egyes fehérjéi is megtalálhatók bennük.:3. ábra A Halobacteria nem metanogén.

A metánanyagcsere tekintetében erősen heterogén: megtalálhatók ennek fő típusai mellett az anaerob metán- vagy alkánoxidáció is.

Előfordulás

Számos helyen megtalálható, például állatokban és bányákban.

Állatokban

Nem metanogén fajai előfordulhatnak állatok, például az ember urogenitális és emésztőrendszerében, valamint bőrén és orrában.

Urogenitális rendszer

Az urogenitális rendszerben leggyakoribb faja a Haloplanus aerogenes. Az archeák és az urogenitális rendszer egészsége közt nem ismert a kapcsolat, de az igen, hogy számos vegyület jelen van az emberi vizeletben, melyet az archeák anyagcseréjükben felhasználhatnak, ilyenek egyes aminosavak, szénhidrátok és szervetlen vegyületek. Egyes anyagokat, például nitrátot, trimetilamin-N-oxidot és fumarátot alternatív elektronakceptorként használhatnak.

Emésztőrendszer

Bár az emésztőrendszeri archeom elsősorban metanogénekből áll, a kis mennyiségben előfordulnak a Halobacteriotába tartozó nem metanogén archeák az állati emésztőrendszerben.

Bőr

Az archeák ritkán vannak jelen az emlősök bőrén, és nagyrészt a Halobacteriota és a Methanobacteriota törzsekből származnak. Az emberen csak az esetek 5,9%-ában volt megtalálható. A nem emberi emlősbőrön az archeák körülbelül 14%-át adta Umbach et al. 2021-es tanulmánya szerint.

Bányákban

Az egyik legrégebbi sóbánya, a bochniai sóbánya területén megtalálták többek közt a szén-monoxid-oxidáló Halobacterium bonnevilleit néhány más faj mellett, melyek ismeretlenek is lehetnek. Ezenkívül találtak Halobacteria-szimbiontákat is kis genommal és korlátozott anyagcsere-képességekkel.

Taxonómia

Osztályai a Halobacteria, az Archaeoglobi, a Methanocellia, a Methanomicrobia, a Methanonatronarchaeia, a Methanosarcinia, a Methanoliparia és a Syntropharchaeia

Filogenetika

A Halobacteriát eredetileg a Methanomicrobia közeli rokonának, egymással több filogenetikai elemzésben is testvércsoportnak tekintették, majd a hipersós környezetekben élő Methanonatronarchaeia csoportot tekintették legközelebbi metanogén rokonának, azonban ennek filogenetikai helyzete is vitatott volt. Gyorsan változó helyek eltávolítása alapján ez utóbbi csoport a Halobacteriota törzsben bazális helyzetű lett. 2020-ban a Hikarchaeia-fajok genomjai alapján Martijn et al. kimutatták, hogy a legközelebbi metanogén rokona nem a Methanonatronarchaeia. Zhao et al. 2024-ben kimutatták az Ordosarchaeia genomjai alapján, hogy az a Halobacteria–Hikarchaeia ágak közti evolúciós helyzetű, és feloldja a Halobacteria hosszúág-torzítását.

Filogenomika

A Halobacteria utolsó közös őse elveszthette metanogenezishez kapcsolódó génjeit, majd más géneket, például citokróm c-oxidáz-géneket szerezhettek baktériumokból vagy más forrásokból horizontális géntranszferrel. Horizontális géntranszferrel adhatta át a Halobacteriota más Euryarchaeota-tagoknak, például a Methanomassiliicoccalesnek a metanol-metiltranszferáz B-t (MtaB). A metildependens hidrogenotróf és a metildizmutáló metanogenezis legkorábban az Euryarchaeota ősénél alakulhatott ki.

Az Eha-fa alapján a Halobacteriota a Methanomadával nem alkot monofiletikus csoportot.

Jegyzetek

  1. 1 2 Oren A, Göker M (2024. február 1.). "Validation List no. 215. Valid publication of new names and new combinations effectively published outside the IJSEM". Int J Syst Evol Microbiol. 74 (1). doi:10.1099/ijsem.0.006173. PMID 38299482. Hozzáférés: 2024. július 21.
  2. 1 2 Chuvochina M, Mussig AJ, Chaumeil PA, Skarshewski A, Rinke C, Parks DH, Hugenholtz P (2023. január 17.). "Proposal of names for 329 higher rank taxa defined in the Genome Taxonomy Database under two prokaryotic codes". FEMS Microbiol Lett. 370: fnad071. doi:10.1093/femsle/fnad071. PMC 10408702. PMID 37480240.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link) CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  3. 1 2 3 4 5 Zhao D, Zhang S, Chen J, Zhao J, An P, Xiang H (2024. január 8.). "Members of the class Candidatus Ordosarchaeia imply an alternative evolutionary scenario from methanogens to haloarchaea". ISME J. 18 (1): wrad033. doi:10.1093/ismejo/wrad033. PMC 10873845. PMID 38366248.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link) CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  4. ↑ List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature https://lpsn.dsmz.de/phylum/halobacterota. Hozzáférés: 2024. július 21. {{cite web}}: Missing or empty |title= (súgó)
  5. ↑ Ou YF, Dong HP, McIlroy SJ, Crowe SA, Hallam SJ, Han P, Kallmeyer J, Simister RL, Vuillemin A, Leu AO, Liu Z, Zheng YL, Sun QL, Liu M, Tyson GW, Hou LJ (2022. július 9.). "Expanding the phylogenetic distribution of cytochrome b-containing methanogenic archaea sheds light on the evolution of methanogenesis". ISME J. 16 (10): 2373–2387. doi:10.1038/s41396-022-01281-0. PMC 9478090. PMID 35810262.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  6. ↑ Suzuki S, Ishii S, Chadwick GL, Tanaka Y, Kouzuma A, Watanabe K, Inagaki F, Albertsen M, Nielsen PH, Nealson KH (2024. június 13.). "A non-methanogenic archaeon within the order Methanocellales". Nat Commun. 15 (1): 4858. doi:10.1038/s41467-024-48185-5. PMC 11176372. PMID 38871712.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  7. 1 2 Kim YB, Whon TW, Kim JY, Kim J, Kim Y, Lee SH, Park SE, Kim EJ, Son HS, Roh SW (2023. július 20.). "In-depth metataxonomic investigation reveals low richness, high intervariability, and diverse phylotype candidates of archaea in the human urogenital tract". Sci Rep. 13 (1): 11746. doi:10.1038/s41598-023-38710-9. PMC 10359320. PMID 37474649.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  8. ↑ Umbach AK, Stegelmeier AA, Neufeld JD (2021. augusztus 31.). "Archaea Are Rare and Uncommon Members of the Mammalian Skin Microbiome". mSystems. 6 (4): e0064221. doi:10.1128/mSystems.00642-21. PMC 8407491. PMID 34282942.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: jelöletlen szabad DOI (link) CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  9. ↑ Lach J, Królikowska K, Baranowska M, Krupińska M, Strapagiel D, Matera-Witkiewicz A, Stączek P (2023. február 13.). "A first insight into the Polish Bochnia Salt Mine metagenome". Environ Sci Pollut Res Int. 30 (17): 49551–49566. doi:10.1007/s11356-023-25770-7. PMC 10104926. PMID 36780083.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  10. 1 2 Adam PS, Kolyfetis GE, Bornemann TLV, Vorgias CE, Probst AJ (2022. november 4.). "Genomic remnants of ancestral methanogenesis and hydrogenotrophy in Archaea drive anaerobic carbon cycling". Sci Adv. 8 (44): eabm9651. doi:10.1126/sciadv.abm9651. PMC 9635834. PMID 36332026.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link) CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)