Packard Fellowship for Science and Engineering (1996)
William O. Baker Award for Initiatives in Research (1999)
Alan T. Waterman Award (2000)
Eli Lilly Award in Biological Chemistry (2001)
Fellow of the American Association for the Advancement of Science (2008)
Mildred Cohn Award in Biological Chemistry (2013)
Dr. Paul Janssen Award for Biomedical Research (2014, Emmanuelle Charpentier)
Gabbay Award (2014, Emmanuelle Charpentier, Feng Zhang)
Lurie Prize in Biomedical Sciences (2014)
Asturias hercegnője műszaki és természettudományos kutatási díj (2015, Emmanuelle Charpentier)
Breakthrough Prize in Life Sciences (Kaliforniai Egyetem (Berkeley), Howard Hughes Medical Institute, Lawrence Berkeley National Laboratory, Emmanuelle Charpentier, 2015)
Gruber Prize in Genetics (2015, Kaliforniai Egyetem (Berkeley))
Melissa Marino: Biography of Jennifer A. Doudna. In: Proceedings of the National Academy of Sciences. 101, 2004, S.16987–16989, doi:10.1073/pnas.0408147101.
Jennifer A. Doudna–Samuel H. Sternberg: Meghekkelt teremtés. Hogyan irányíthatjuk a génszerkesztéssel az evolúciót?; ford. Dienes István; HVG Könyvek, Budapest, 2021