Klubcsapatokban
Pályafutását hazájában, az Inter Alliesben kezdte, ahol a 2013–2014-es idényben mutatkozott be a ghánai élvonalban. A szezon végén jelölték az év védője címre, a következő idényben pedig ő volt a csapat kapitánya.
2015 augusztusában a svéd első osztályú Hammarby IF vette kölcsön fél évre. A 2015-ös bajnokságban mindössze egyszer, a címvédő Malmö FF elleni bajnokin kapott játéklehetőséget. Bár csapata 1–0-ra kikapott, a Hammarby szurkolói őt látták a mérkőzés legjobbjának.
A 2016-os bajnokságot megelőzően a svéd csapat hároméves szerződést kötött a ghánai védővel. Május 18-án játszotta szezonbeli első bajnokiját, kezdőként lépett pályára, majd a félidőben lecserélték.
A szezon közepétől Nanne Bergstrand vezetőedző az újonnan igazolt David Boo Wiklanderrel együtt Aidoónak adott legtöbbször lehetőséget a védelem közepén, a Hammarby pedig az ezt követő időszakban egymást követő hat bajnokin nem kapott gólt, hetet pedig megnyert, a sorozatot az Örebro elleni 1–1-es döntetlen szakította meg szeptember 12-én.
A 2017-es idény első hat bajnokiját a Hammarby mindössze hat gólt kapott, Aidoót pedig a tekintélyes Goal című szaklap a legjobb afrikai játékosok közé sorolta.
2017. július 24-én három évre szóló szerződést írt alá a belga Genk csapatához, amely sajtóhírek szerint kétmillió euró körüli összeget fizetett érte a Hammarbynak. Új csapatában augusztus 26-án, a Mechelen elleni bajnokin mutatkozott be. Első gólját október 22-én szerezte, a Genk azzal a találattal győzte le 1–0-ra az Anderlechtet, Aidoót pedig a mérkőzés legjobb játékosának választották. Szeptember 23. és november 19. között a Genk nyolcmérkőzéses veretlenül lejátszott bajnoki sorozatot produkált, Aidoo pedig alapembere volt a csapatnak. A 2018-2019-es idény végén bajnoki címet szerzett a klubbal.
2019. július 11-én a spanyol első osztályban szereplő Celta Vigo szerződtette, nyolcmillió eurót fizetve érte a belga csapatnak.
.svg){kind=small}
