Cselekmény
Egy évvel a D-6 titkos alagútjainak elfoglalása után a Rend bázist alapított a helyszínen. Kán szól Artyomnak, hogy egy Fekete túlélte a rakétákat. Miller, a rend parancsnoka úgy dönt, hogy Artyommal küldi Annát, a lányát, a Rend legjobb mesterlövészét, hogy vadásszák le a Feketét. A fekete lényről kiderül, hogy valójában egy fekete kisgyerekről van szó, aki túlélte az atomcsapást. Artyom elfogja a kis lényt, de a reich katonái elfogják őket, mivel minden nagyobb frakció már tud a lényről és vadásztak rá ők is. A nácik kihallgató szobájában egy redline katona és felderítő segítségével (Pavel) megszöknek, majd átosonnak közösen a 4. birodalom állásain, végül útjukat a felszínen folytatják. Heves mutáns támadás során visszamenekülnek a metróba, ahol a redline egyik állomására engedik be őket. Itt Pavel elárulja Artyomot, és ezúttal vörös fogságba esik, ahol kínzással próbálnak információhoz jutni tőle a D6-ról és a lényről. Megszöktetik, majd több titkos beszélgetést kihallgat a szellőzőkben kúszva. Átoson több vörös állomáson, és ismét találkozik az első részben már megismert kováccsal, aki ezúttal egy elhagyott alagút egyik szobájába fészkelte be magát. Ad Atyomnak egy járművet, amivel egyedül halad tovább a mutánsoktól hemzsegő alagútban. Visszajut a spártaiakhoz, és el kell jutnia Velencébe, üldözni Pavelt. Itt Pavel meg tud szökni, ezért a mocsáron át kell haladnia a templomig. Árulás áldozatai lesznek, a redline rajtuk üt, a katakombákon át haladva jut ki Moszkvába. Khan segítségével talál rá a kis lényre, akit kiszabadít egy száguldó vonatról, majd együtt átmennek Moszkva romjain, szinte teljesen bejárva a halott várost. Visszajutva a metróba a Reich, Sparta, redline béketárgyalásokba csöppennek, ahol a kis lény telepatikus képességeivel fény derül a redline vezetőjének árulására, mely szerint megölte saját bátyját. Mivel politikai karrierje megbukik, Korbut elvtárs veszi át teljesen a hatalmatm aki háborút akar. Megindul hát a támadás a D6 ellenm amit a spártaiak az utolsó vérükig védenek. A befejezés attól függ, milyen karmával rendelkezik végül a játék folyamán Artyom.
