AaB
Helenius 2005-ben, 13 éves korában került az AaB ifiakadémiájára. Első profi szerződését akkor kapta, amikor az U19-es csapatban játszott. A 2009/10-es szezonban 22 gólt szerzett, amivel gólkirály lett az U19-esek között. A dán ifibajnokságban ez a második helyre volt elég, egyedül a Brøndbyben játszó Brent McGrath tudta melózni, 29 találattal.
2010. május 16-án, a HB Køge ellen bemutatkozott az Aalborg felnőtt csapatában is. Első gólját szeptember 10-én, egy AC Horsens elleni bajnokin szerezte. 2010 októberében és novemberében sorozatban öt meccsen betalált: négy bajnokin és egy kupameccsen volt eredményes. Ezután állandó tagja lett az AaB kezdőjének.
A 2012/13-as idény után az UEFA honlapján a dán Superliga legjobbjának választották a szurkolók. Az AaB szurkolói egy rövid rigmust is írtak a játékos tiszteletére, mely így szólt: "vi elsker vold og kokain – og Nicklas Helenius" ("imádjuk az erőszakot, a kokaint – és Nicklas Heleniust). A dal az Y viva España dallamára íródott és első fele szarkasztikus utalás volt a huligánkultúrára és az azzal kapcsolatos előítéletekre.
