AMBER (acronimo di Assisted Model Building with Energy Refinement) è una famiglia di campi di forze utilizzati nella dinamica molecolare di biomolecole, originariamente sviluppati dal gruppo di Peter Kollman all'Università della California, San Francisco. AMBER è allo stesso tempo anche il nome del pacchetto di software con cui si può simulare il campo di forze.
Con l'espressione "campo di forze AMBER" normalmente ci si riferisce alla forma funzionale usata dai campi di forze AMBER. Questa è l'insieme di diversi parametri a cui ogni versione di AMBER assegna un determinato valore.
L'obiettivo del campo di forze è di modellizzare in modo accurato le energie conformazionali di un sistema molecolare e le conseguenti interazioni intermolecolari. La forma funzionale rappresenta quindi l'energia potenziale del sistema:
Il campo di forze è la derivata di questa grandezza rispetto alla posizione.
Il significato dei diversi termini è il seguente:
Per usare il campo di forze AMBER, è necessario assegnare dei valori ai parametri del campo di forze (e.g. costanti di forza, lunghezza ed angoli di equilibrio di ogni legame, cariche). Esistono numerose collezioni di questi valori, descritte nel dettaglio nel manuale utente del software AMBER. Ognuna di queste collezioni ha un nome e fornisce i parametri per un certo tipo di molecole.
Il pacchetto AMBER fornisce un insieme di programmi con cui applicare il campo di forze alla simulazione di biomolecole. È scritto in Fortran 90 e C++. Lo sviluppo è condotto da un'ampia associazione di laboratori per la maggior parte accademici. Nuove versioni sono distribuite in genere nella primavera di anni pari; AMBER 10 è stato distribuito nell'aprile 2008, mentre AMBER 18 è uscito nell'aprile 2018. Il pacchetto sorgente viene distribuito in formato open secondo le specifiche GNU GPL ed è composto dalle due componenti AMBER e AMBERTOOLS, mentre la versione commerciale è a pagamento. Le ultime versioni del pacchetto AMBER supportano l'accelerazione via GPU grazie al supporto del linguaggio CUDA.
![{\displaystyle +\sum _{\text{torsioni}}{\frac {1}{2}}V_{n}[1+\cos(n\omega -\gamma )]}](https://wikimedia.org/api/rest_v1/media/math/render/svg/603c26cadfb0ae994833c4c703e66c66abd17833)
![{\displaystyle +\sum _{j=1}^{N-1}\sum _{i=j+1}^{N}\left\{\varepsilon _{i,j}\left[\left({\frac {r_{0ij}}{r_{ij}}}\right)^{12}-2\left({\frac {r_{0ij}}{r_{ij}}}\right)^{6}\right]+{\frac {q_{i}q_{j}}{4\pi \varepsilon _{0}r_{ij}}}\right\}}](https://wikimedia.org/api/rest_v1/media/math/render/svg/6e9ba0d4fa0f5de9a4e98e5cd908c4620db0053d)
