Il toponimo portoghese Alfama ha la medesima origine del toponimo Alhama.
Alhama è in alcuni casi la grafia alternativa dell'espressione aljama, etimologicamente distinta, utilizzata nel periodo medioevale in ambito iberico per indicare le comunità o congregazioni religiose ebraiche e musulmane facenti capo ad un luogo di culto e per estensione, il quartiere dove tali comunità vivevano (ad es. Aljama de los Judíos e Aljama de los Moros).