Il nome dell'ensemble deriva dalla Capilla Flamenca fondata da Carlo V, il quale quando decise di lasciare i Paesi Bassi nel 1517, scelse alcuni dei migliori cantori per accompagnarlo nel suo viaggio verso la Spagna. Costoro divennero poi i componenti della Capilla Flamenca.
Il 4 novembre 2013, il consiglio d'amministrazione dell'ensemble decise di porre fine all'attività della Capilla Flamenca.
Discografia
? - Het studentenleven anno 1570. Eufoda 1071 (33 giri)
1993 - Puer nobis. Noël de la Renaissance. Eufoda 1147.
1993 - Polyphonie de la Renaissance à Bruges. Chansonnier de Zeghere van Male. Eufoda 1155.
1995 - Zingen en spelen in Vlaamse steden en begijnhoven. Eufoda
1996 - Oh Flanders Free. Musica fiamminga del Rinascimento: Ockeghem, Josquin, Susato, La Rue. Alamire LUB 03, Naxos 8.554516.
1997 - Sei Willekomen. Capilla Flamenca et Flanders Recorder Quartet. Eufoda 1256.
1998 - Bassano: Viva L'Amore. Capilla Flamenca y Flanders Flauta dulce Quartet. Opus 111 30-239.
1998 - Margherita - Massimiliano I. Musique de 1500. Capilla Flamenca avec "La Caccia", "Knaben der Schola Cantorum Cantate Domino Aalst", "Schola Gregoriana Lovaniensis".ORF Shop CD 265 (2 CDs).
1999 - The A-La-Mi-Re Manuscripts. Flemish Polyphonic Treasures for Carlo V: Josquin, De la Rue, Willaert. Naxos Records 8.554744.
1999 - I Fiamminghi - V. Johannes Brassart: In festo Corporis Christi. Ricercar 233362.
2000 - Jean de Castro: Polyphony in a European Perspective avec More Maiorum, Piffaro, The Renaissance Band, Trigon-Project, Wim Diepenhorst et Bart Demuyt. Passacaille 931.
2001 - Resonanzen 2001. Viva España. Capilla Flamenca et autres. ORF "Édition Alte Musik" CD 281.
2001 - The Flemish Orgues Heritage. Capilla Flamenca y A. van den Kerckhoven. Naxos 8.555809
2001 - Arnold de Lantins: Missa Verbum Incarnatum. Capilla Flamenca avec Psallentes et Clari Cantuli. Ricercar 207.
2002 - La Rue: Missa de septem doloribus. Capilla Flamenca et Psallentes. Musique en Wallonie 0207.
2002 - Musica reservata. Endangered Sounds. Capilla Flamenca et Psallentes. Alamire Foundation 2002
2002 - Sebastián de Vivanco: Libro de Motets (1610). Capilla Flamenca et Oltremontano. LCD 9706.
2003 - Foi. Ars nova, Tradition orale, traditional music and more. CAPI 2003
2003 - Alexander Utendal / De Monte: Motets. Capilla Flamenca et Oltremontanto. Passacaille 937.
2003 - Canticum Canticorum. In Praise of Love: The Song of Songs in the Renaissance. Eufoda 1359.
2004 - Zodiac. Ars Nova and Ars subtilior in the Low Countries and Europe. Eufoda 1360.
2004 - Obrecht: Chansons, Songs, Motets. Junto con Piffaro, The Renaissance Band. Eufoda 1361.
2005 - Priest and Bon Vivant. Sounds of the City of Louvain from the XVI siècle. Travaux de Clemens non Papa et de ses contemporains. Capilla Flamenca et La Caccia. Etcetera 1287.
2005 - Dulcis Melancholia. Biographie musicale de Marguerite d'Autriche. Musique en Wallonie MEW 525.
2005 - La Rue: Missa Ave Maria, Vespers. Capilla Flamenca et Psallentes. Musique en Wallonie 0633.
2006 - Concentu melodiae. K.U.Leuven 96-01
2006 - Lumina. Christmas Around The 1500s. Capilla Flamenca et Pueri. Eufoda 1366.
2006 - Flemish and Walloon Organ Treasure, Volume 4. Capilla Flamenca et Joris Verdin. Vision-Air 2006/1.
2007 - Désir d'aymer. Love Lyrics Around 1500, from Flanders to Italy.. Eufoda 1369.
2007 - Salve Mater, Salve Jesu. Chant and Polyphony from Boemia around 1500. Capilla Flamenca et la Schola Gregoriana Pragensis avec Barbara Maria Willi. Etcetera ETC 1346.
2007 - Lambert de Sayve: Missa Dominus Regnavit / Motets. Capilla Flamenca et Oltremontano. Etcetera 4022
2008 - Machaut: Orfèvre de la Polyphonie, avec l'Ensemble Syntagma. Krediet Bank of Luxembourg.
2008 - Bellum & Pax. Missa L'homme armé / Da Pacem. Obrecht / Josquin / La Rue. Capilla Flamenca junto con Oltremontano y Psallentes. Eufoda 1372.
2009 - En un gardin. Les quatre saisons de l'Ars Nova. Musique en Wallonie 0852.