Le prime edizioni diffuse avevano all'inizio del romanzo una pagina che affermava la piena veridicità del romanzo e che il contenuto e gli avvenimenti narrati erano frutto di numerose ricerche. Molti storici, tra cui l'esperto della storia delle religioni Massimo Introvigne, lo criticarono duramente e lo invitarono ad un confronto diretto per discutere sulla veridicità dei contenuti presenti. Tuttavia era preceduta da un trafiletto iniziale in cui si diceva che il libro era opera di fantasia. Lanciata la sfida, Dan Brown decise di non accettarla ma di togliere la pagina di intestazione. È per questo che la versione italiana, a partire dalla settima ristampa, o quella di altre lingue non ha la premessa fatta da Dan Brown riguardante la veridicità del romanzo, al contrario delle prime versioni pubblicate in inglese.
Dubbi sull'originalità dell'opera
Fra i critici dell'opera di Dan Brown, c'è chi ha sostenuto che le idee centrali del libro siano state tratte da opere precedenti meno note che, in ogni caso, non fanno che ripetere vecchie e stranote vicende narrate negli apocrifi.
Il caso più noto è quello del saggio Il santo Graal ("Holy Blood, Holy Grail") di Michael Baigent, Richard Leigh e Henry Lincoln (1982). Baigent e Leigh hanno citato Dan Brown in tribunale per plagio, ma l'Alta Corte di Giustizia di Londra ha assolto il romanzo affermando che «la Storia, quella con la esse maiuscola, non si può copiare perché è un patrimonio comune». Assai curioso il fatto che l'estensore della sentenza, il giudice Peter Smith, abbia lasciato nel testo 37 lettere in corsivo con l'intenzione di congegnare un enigma proprio come quelli presenti ne Il codice da Vinci: le prime 11 lettere danno le parole "Smith" (il cognome del giudice), "Code" ("codice", in inglese) e la lettera "J" ("judge", "giudice"); per le altre ("aeiextostpsacgreamqwfkadpmqz") il giudice ha lanciato la sfida per la soluzione dell'enigma. La soluzione è stata resa nota nell'aprile 2006. A interpretare il codice è stato l'avvocato londinese Dan Tench, che avrebbe usato i numeri di Fibonacci, una formula matematica citata dal romanzo. Tench ne ha ricavato la frase «Jackie Fisher, who are you? Dreadnought» («Jackie Fisher, chi sei? Sterminatore»). Jackie Fisher fu l'ammiraglio inglese responsabile della costruzione della HMS Dreadnought, la prima corazzata monocalibro del mondo.
Tuttavia l'ipotesi di una possibile relazione tra Gesù e Maria Maddalena, i quali anche avrebbero generato almeno un figlio (tema su cui si impernia l'intera trama del romanzo), era già stata proposta in The Jesus Scroll, pubblicato per la prima volta nel 1972.
Oltre ai temi ricavati dal libro di Baigent, Leigh e Lincoln, alcuni argomenti indizi misteriosi legati ai dipinti di Leonardo Da Vinci sono stati tratti dai libri La Sindone Da Vinci (Turin Shroud: In Whose Image?) e La rivelazione dei Templari (The Templar Revelation) di Lynn Picknett e Clive Prince. Il secondo in particolare è citato ne Il codice da Vinci, assieme a Il santo Graal di Baigent, Leigh e Lincoln (senza nominare i tre autori), tra i volumi presenti nella biblioteca di Leigh Teabing.
La relazione tra Gesù e Maria Maddalena è stata inoltre argomento del romanzo di Philipp Vandenberg Il mistero della pergamena del 1993, ed è presente nel film L'ultima tentazione di Cristo di Martin Scorsese (citato anche nel volume); anche il film è stato contrastato duramente quanto il libro. Numerosi studiosi si sono in effetti occupati di tale argomento, portando come presunte prove il Vangelo di Filippo di cui si parla nel romanzo o il cosiddetto Vangelo della moglie di Gesù.
Molte similitudini sono state inoltre ravvisate con il romanzo di Umberto Eco Il Pendolo di Foucault da vari critici.
In ogni caso, il Priorato di Sion è l'organizzazione fondata da Pierre Plantard, il quale non ha mai sostenuto di essere un discendente di Gesù, aspirando tuttavia a un trono nel contesto di una restaurata monarchia merovingia in Francia. Lo stesso non pensò mai di difendere il femminino sacro e il segreto su Maria Maddalena, come affermato nel libro (in cui peraltro sono citati i Dossier secrets, falso elenco di presunti Gran Maestri creato da Plantard).
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